Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (02.02.2016)
Cílem praktika je seznámit studenty s běžnými i pokročilými instrumentálními metodami používanými nejen v biochemii. Kromě metod, jako je extrakce látek z přírodního materiálu, UV/VIS absorpční spektrofotometrie, chromatografických technik (HPLC, FPLC, iontově výměnná, gelová permeační a afinitní chromatografie), dialýzy, elektromigračních metod (agarosová elektroforéza, SDS/PAGE, Western blot - elektropřenos s imunodetekcí) a PCR amplifikace DNA, je v kurzu zařazena také pokročilá instrumentální metoda analýzy interakcí biomolekul - rezonance povrchového plazmonu (SPR, z angl. Surface Plasmon Resonance).
Vedeni snahou o větší přiblížení toto pokročilého praktika k reálné vědecké práci, začleňujeme do některých úloh prvky problémového vyučování, kdy studenti po odpovídající teoretické přípravě sami navrhují postup řešení problému.
Součástí praktika je také seznámení se s technikou vyhledávání v biochemických informačních zdrojích, práce s odbornou literaturou a vyhodnocování výsledků. Kurz je ukončen seznámením s principy členění textu i formálních náležitostí platných pro vypracovávání odborných prací (např. bakalářské práce či vědeckých publikací) a následným vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce, jejím včasným odevzdáním a ústní diskuzí ("obhajobou").
Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (15.02.2016)
The aim of this practical course is to introduce students to both common and modern instrumental biochemical methods. Besides commonly used techniques, such as extraction of compounds from natural material, UV/VIS absorption spectrophotometry, spectrofluorimetry, chromatographic techniques (HPLC, FPLC, ion exchange, gel permeation and affinity chromatography), dialysis, electromigration methods (agarose electrophoresis, SDS-PAGE, Western blot - electroblotting with immunodetection), and PCR amplification of DNA, an advanced technique of biomolecules interaction analysis called surface plasmon resonance (SPR) is also part of the course, as well as practical searching in biochemical information sources, work with scientific literature and evaluation of experimental results. The course is finished by introduction to principles of text structuring and formal requirements relevant to scientific literature (i.e. bachelor thesis or scientific publications) and subsequent writing of a final report for one given practical task in a form of small scientific work, its timely submission and oral discussion ("defence").
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)
Doporučená literatura:
Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991.
Anzenbacher P, Kovář J: Metody chemického výzkukmu pro biochemiky, MŠ Praha, 1986
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (18.02.2018)
Required literature: Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991. (Manual of methods and protocols)
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (18.02.2018)
Zápočet: zvládnutí vstupního testu, úspěšné absolvování zadaných úloh, vypracování přiděleného protokolu v odpovídající kvalitě, jeho včasné odevzdání a diskuse.
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (04.01.2014)
Credit: successful work in the laboratory on all given laboratory tasks, delivery of the final report in required quality and in time, oral discussion of the report.
Sylabus
Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (02.02.2016)
Úlohy:
IEX - Separace holo- a apoformy cytochromu b5 pomocí iontově výměnné chromatografie a gelové filtrace
IMAC & WB - Izolace, purifikace, elektropřenos a imunodetekce TEV proteasy
Kurz je ukončen vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce.
Návody a další podklady potřebné k vypracování jednotlivých úloh jsou k dispozici na výše odkazované webové stránce MOODLE - klíč pro zápis do kurzu obdržíte během úvodní hodiny!
Vstupní požadavky
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (18.02.2018)
Praktikum je určeno pro studenty 2. a 3. ročníků bakalářského studia chemických popř. biologických oborů. Vzhledem k tomu, že se zaměřuje na pokročilé instrumentální biochemické metody, předpokládáme, že účastníci jsou kromě teoretické znalosti biochemie vybaveni také znalostmi základních chemických a biochemických metod. Tedy že již úspěšně absolvovali Praktikum z laboratorní techniky a také Biochemické praktikum (MC250C31N), popř. ekvivalentní předměty.
Podmínkou je také úspěšné zvládnutí vstupního testu.
