Strukturní základy buněčné biologie - MBCPLUS003

• Anglický název: Structural basics of cell biology
• Český název: Strukturní základy buněčné biologie
• Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2021
• Semestr: oba
• E-Kredity: 0
• Rozsah, examinace: 0/0, Jiné [HT]
• Počet míst: 20
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Vysvětlení: Tento předmět je určen pouze pro zájmový kurz CŽV -Bakalář Plus.Studentům kreditního studia nebude závazně zapsán.
• Poznámka: předmět lze zapsat opakovaně; předmět lze zapsat v ZS i LS
• Garant: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Anotace

Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (11.07.2012)

Strukturní biologie, která přináší informace o 3D strukturách buněčných komponent s atomárním rozlišením, zaznamenala v posledních 20 letech významné pokroky a poskytla klíčové informace o fungování základních buněčných procesů. Její obrovský přínos lze ilustrovat například tím, že v posledních deseti letech získali strukturní biologové hned několik Nobelových cen - za pokroky v NMr spektroskopii, stukturu membránových proteinů, za strukturu RNA polymerázy a za struktury ribozomů. Celkově bylo uděleno za strukturní biologii již 13 Nobelových cen.
Na podrobnější pohled na 3D strukturu významných proteinů a komplexů však nezbývá v obecných přednáškách mnoho času. Předmět Strukturní základy buněčné biologie se chce proto soustředit právě na 3D struktury makromelekul a hledat odpovědi na otázky jako:
- jak velikost, tvar či povrchový náboj ovlivňují funkci proteinů?
- jakou mutací lze zvýšit rychlost reakce u daného enzymu?
- jak změnit substrátovou specificitu studovaného proteinu?
- které aminokyseliny jsou zodpovědné za interakci s DNA?
- lze na základě podobnosti vazebného místa pro ligand usuzovat na příbuznost proteinů?

Na úvod se krátce seznámíme s metodami sloužícími k určení 3D struktur makromolekul, strukturními databázemi a nástroji sloužícími k hodnocení kvalit struktur. Jadrém předmětu však bude samostatná studentská práce s originální literaturou. Na každé hodině zazní dvě studentské prezentace popisující publikace- jedna bude na předem vybranou významnou práci, která ovlivnila směřování buněčné biologie a druhá prezentace bude popisovat aktuální strukturně-biologický článek, který si student sám vybral, doplněný o seznam zajímavých publikací, které vyšli v posledním čísle vybraných časopisů. O obou prezentovaných článcích budeme na závěr vézt diskuzi.
Studenti tak v předmětu získají nejenom zajímavé poznatky o strukturní biologii, které rozšíří znalosti získané dříve, ale získají také možnost zdokonalit se v práci s literárními zdroji, prezentačních dovednostech a diskusi nad vědeckými problémy.

Cíl předmětu

Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (11.07.2012)

Cílem předmětu je nabídnout studentům prostor rozvíjet se samostatnou prací a tréninkem důležitých "vědeckých" dovedností jako jsou práce s databázemi literárních zdrojů, příprava a prezentace vědeckého příspěvku a kritického přístupu k prezentovaným datům. V neposlední řadě je jedním z cílů i rošíření znalostí o buněčné biologii prostřednictvím dat získaných za pomoci strukturní biologie.

Literatura

Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (11.07.2012)

Liljas A., Liljas L, Piskur J., Lindblom G., Nissen P. and Kjeldgaard M. Textbook Of Structural Biology. World Scientific Publishing Company; Pap/Cdr edition (February 4, 2009). ISBN-10: 9812772081

Kessel A. and Ben-Tal N. Introduction to Proteins: Structure, Function, and Motion. CRC Press; 1 edition (December 17, 2010).ISBN-10: 1439810710

Branden K. and Tooze J.Introduction to Protein Structure. Garland Science; 2 edition (January 3, 1999). ISBN-10: 0815323050

Lesk A. Introduction to Protein Science: Architecture, Function, and Genomics. Oxford University Press, USA; 2 edition (May 20, 2010). ISBN-10: 0199541302

Sylabus

Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)

Na úvod se krátce seznámíme s metodami sloužícími k určení 3D struktur makromolekul, strukturními databázemi a nástroji sloužícími k hodnocení kvalit struktur. Jadrém předmětu však bude samostatná studentská práce s originální literaturou. Na každé hodině zazní dvě studentské prezentace popisující publikace- jedna bude na předem vybranou významnou práci, která ovlivnila směřování buněčné biologie a druhá prezentace bude popisovat aktuální strukturně-biologický článek, který si student sám vybral, doplněný o seznam zajímavých publikací, které vyšli v posledním čísle vybraných časopisů. O obou prezentovaných článcích budeme na závěr vézt diskuzi.
Studenti tak v předmětu získají nejenom zajímavé poznatky o strukturní biologii, které rozšíří znalosti získané dříve, ale získají také možnost zdokonalit se v práci s literárními zdroji, prezentačních dovednostech a diskusi nad vědeckými problémy.

Vstupní požadavky

Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (11.07.2012)

V případě zájmu převyšujícího kapacitu předmětu bude studentům zaslán problém, který se pokusí do 48 hodin s využitím všech dostupných zdrojů vyřešit a odpověď zašlou emailem.

Na základě zaslaných odpovědí budou vybráni studenti, kteří se přředmětu zůčastní.