|
|
|
||
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (31.08.2023)
Součástí je i práce s daty a praktická cvičení ve 4 tematických celcích (á 3 hodiny): - analýza dat (základní) - návrh experimentu - příprava vzorku a měření multiparametrických dat - reportování a analýza dat (pokročilá) Aplikační využití cytometrie zahrnuje široké vědecké postupy a experimenty: analýzu a třídění různých velikostí částic od submikronových (chromozomů, bakterií, organel a vesiklů) přes buňky do velikosti stovek mikronů, ale i celých organismů až do velikosti 1mm. Analýza se neomezuje pouze na statické jednoparametrické "screeningové" experimenty, ale hlavní síla cytometrie je v multiparametrické analýze heterogenních vzorků a jejich funkčních vlastností. S objevem nových fluorochromů, včetně různých variant fluorescenčních proteinů, dnes můžeme studovat funkční projevy buněk až na úrovni protein-protein interakcí. Proto se stala cytometrie jedním ze stavebních bloků systémové biologie a umožňuje nám měřit desítky parametrů na miliónech buněk současně. Technologie cytometrie i vlastní cytometrická data jsou velmi komplexní, plně standardizovaná a umožňují nám použití robustních statistických metod pro jejich analýzu. Součástí předmětu je proto praktická ukázka a detailní procvičení analýzy dat. Důraz je kladený hlavně na klasickou fluorescenční průtokovou cytometrii. Další varianty cytometrie, včetně hmotnostní a obrazové, budou probírané, ale nebudou předmětem vlastních praktických cvičení. Absolventi budou mít po složení zápočtu a zkoušky: - znalost principů jednotlivých směrů cytometrie - znalost o funkci přístrojů a souvisejícím využití vhodných fluorochromů a prób - znalost o stávajících aplikacích průtokové cytometrie v širokém spektru vědních oborů - schopnost posoudit vhodnost zvolené metody při řešení konkrétního problému - schopnost analyzovat a interpretovat výsledky získané průtokovou cytometrií - schopnost kriticky hodnotit kvalitu cytometrických dat ve vědeckých publikacích |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (31.08.2023)
Pro začátečníky: Pro středně pokročilé: Metodické učebnice a návody: Během kurzu dostanete i odkazy na výuková videa a MOOC kurzy, které doporučuji. |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (31.08.2023)
Výuka probíhá prezenčně. Materiály a další info dostupné prostřednictvím LMS systému Moodle. Zápočet se skládá z: Tři části zkoušky se skládají z: 1/ Reportu společně zadaného reálného experimentu = posouzení správnosti jeho návrhu, provedení vlastního měření a analýzy dat. Odevzdáte na Moodle dokument ve formátu projektového reportu s komentářem, co se Vám podařilo a co nikoli. Max. 45 bodů. Vlastní zkouška se skládá z odevzdání dokumentů (Report a Návrh experimentu) na Moodle (týden před zkouškou), kdy můžete získat 100% možných bodů. Za každý další den prodlení se odečítá 1% z předchozího dne progresivně až do termínu Vaší prezentace během prvního až druhého únorového týdne. Na jednom termínu zkoušky se musí shodnout všichni studenti. Vzorové provedení Reportu a Návrhu experimentu bude poskytnuté v rámci výuky. U hraničních výsledků (77 - 79, 57 - 59, 37 - 39) bude provedeno dodatečné ústní přezkoušení ihned během zkušebního dne. |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (31.08.2023)
Předmět Cytometrie je vyučován ve 4 cyklech, kdy v každém z nich je série 3 dvouhodinových přednášek (1,5 hodiny čistého času) vždy zakončená jedním praktickým 3-hodinovým cvičením (2 a 1/4 hodiny čistého času), a to ihned po poslední přednášce v dané sérii. 1. cyklus: Základy cytometrie PŘEDNÁŠKY: 1. Základy cytometrické technologie - termíny a kus historie 2. Jednoduché aplikace průtokové cytometrie 3. PRAKTICKÉ CVIČENÍ: Základy praktické analýzy dat Zápočtový test #1
2. cyklus: Základní cytometrické aplikace PŘEDNÁŠKY: 4. Principy fluorochromů a praktické využití cytometrie v biotechnologiích a v biomedicíně 5. Opakování, korelace měření a zobrazení dat 6. PRAKTICKÉ CVIČENÍ: Návrh experimentu
3. cyklus: Detailní analýza a měření dat PŘEDNÁŠKY: 7. Návod pro analýzu dat (titrace / voltrace) 8. Práce s reálnými daty Zápočtový test #2 9. PRAKTICKÉ CVIČENÍ: Příprava vzorku a měření multiparametrických dat
4. cyklus: Analýza multiparametrických dat PŘEDNÁŠKY: 10. Základní principy analýzy multiparametrických dat (FlowJo – úvod) 11. Nácvik kompenzace dat (FlowJo) 12. PRAKTICKÉ CVIČENÍ: Práce s naměřenými daty Zápočtový test #3 |