Protein engineering and Synthetic Biology - MB151P131

• Anglický název: Protein engineering and Synthetic Biology
• Český název: Proteinove inzenyrstvi a synteticka biologie
• Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2023 do 2023
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:kombinovaná
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/0, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Poznámka: povolen pro zápis po webu; předmět má cyklickou výuku
• Garant: Mgr. Klára Hlouchová, Ph.D.; RNDr. Cyril Bařinka, Ph.D.
• Vyučující: RNDr. Cyril Bařinka, Ph.D.; Mgr. Klára Hlouchová, Ph.D.

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: Mgr. Klára Hlouchová, Ph.D. (17.02.2021)

2 assignments / homeworks

final grade: 25+25% for assignments, 50% final exam

 

Sylabus

Poslední úprava: Mgr. Klára Hlouchová, Ph.D. (07.10.2020)

1. Introduction (why protein engineering?, antibodies as an example of engineered proteins), DNA sources and manipulation

2. Expression plasmids, cloning/mutagenesis techniques (restriction sites, Gateway, Gibson assembly, In fusion)

3. Heterologous expression systems (prokaryotic, yeast, insect, mammalian) - transfection, cultivation, disruption

4. Basics of amino acid/protein structure, protein purification techniques I (affinity tags, ion exchange, hydrophobic, size-exclusion)

5. Protein purification techniques II, protein analysis (purity, concentration, dispersity, function, structure)

6. Repetition/back-up

7. Cell-free synthesis

8. Creating Diversity / Libraries

epPCR, degenerate oligo design, gene shuffling, library preparation

9. Expanded / Alternative Genetic Code

codon reassignment

10. Screen vs Selection towards new function

display techniques (Phage, ribosomal, mRNA/cDNA), compartments

11. Minimal cells

genome reduction

12. Synth Bio

metabolic engineering; gene circuits