Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
Modelování biologických systémů se stává stále populárnějším a důležitějším nástrojem k porozumění biologických mechanizmů. Souhra mezi experimentem, teorií a simulacemi poskytuje vhled do dynamického chování komplexních mnohasložkových biologických systémů, které nemohou být snadno uchopeny tradičními vědeckými přístupy. Výpočetní přístupy tvoří jádro modelování a simulací biologických systémů. Kurz se zaměřuje na modelování technik časově rozlišených systémů. Studenti se naučí brát v potaz geometrii systémů a transport v prostoru. Po opakování základní matematiky a fyziky se studenti naučí modelovat procesy jako difuze či tok a simulovat je na poočítači.
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Modeling of biological systems is becoming an increasingly popular and important tool for understanding biological mechanisms. The interplay between experiment, theory and simulation provides insight into the dynamic behavior of complex multicomponent biological systems that cannot be easily grasped by traditional scientific approaches. Computational approaches form the core of modeling and simulation of biological systems. The course focuses on modeling of time resolved systems techniques. Students will learn to consider the geometry of systems and transport in space. After repeating basic mathematics and physics, students learn to model processes such as diffusion or flow and simulate them on a computer.
Literatura -
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
I. F. Sbalzarini, Spatiotemporal Modeling and Simulations. Lecture Notes, 2015.
I. F. Sbalzarini. Modeling and simulation of biological systems from image data. Bioessays, 35(5):482–490, 2013.
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
I. F. Sbalzarini, Spatiotemporal Modeling and Simulations. Lecture Notes, 2015.
I. F. Sbalzarini. Modeling and simulation of biological systems from image data. Bioessays, 35(5):482–490, 2013.
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Budou prověřovány praktické i teoretické znalosti získané v kurzu.
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Practical and theoretical knowledge acquired in the course will be tested.
Sylabus -
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
Pokryté oblasti:
i) analýza prostorovosti
ii) příčinové diagramy
iii) vektorová pole
iv) částicové metody
v) rovnice difuze a toku
vi) hybridní metody počítačové simulace
Nedílnou součástí kurzu je studentský projekt zaměřující se na simulaci skutečného biologického systému.
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Areas covered:
(i) spatial analysis
(ii) cause diagrams
(iii) vector field
(iv) particle methods
v) diffusion and flow equations
(vi) hybrid methods of computer simulation
An integral part of the course is a student project aimed at simulating a real biological system.
Vstupní požadavky -
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Tento kurz je vyučován v angličtině.
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
