Poslední úprava: doc. MUDr. Pavla Brennan Kearns, Ph.D. (09.09.2020)
Cílem předmětu Metodologie je poskytnout studentům nástroje k tomu, jak hodnotit informace z narůstajícího počtu vědeckých publikací.
Předmět se skládá ze 2 úvodních přednášek, které dávají obecný úvod do problematiky kritického hodnocení metod použitých ve studiích. Na přednášky navazuje 6 praktických cvičení, které probíhají během roku v 6 různých klinických modulech. Praktická cvičení jsou podrobnější a jejich cílem je integrovat metodologické aspekty studií do klinického kontextu. Během praktických cvičení budou studenti procvičovat látku z přednášek, diskutovat nad publikovanými studiemi a detailněji se seznámí s některými statistickými metodami.
Na praktická cvičení je potřeba se předem připravit.
Poslední úprava: doc. MUDr. Pavla Brennan Kearns, Ph.D. (09.09.2020)
The aim of the course is to provide students with tools on how to evaluate information from a growing number of scientific publications.
The course consists of 2 lectures, which give a general introduction to critical appraisal of methods used in scientific studies. The lectures are followed by 6 practices, which take place during the year in 6 different clinical modules. The practices are more detailed and their goal is to integrate methodological aspects of specific studies into clinical contexts. During the practices, students will apply knowledge from lectures, discuss published studies and get acquainted in more detail with some statistical methods.
It is necessary to prepare for the practices in advance.
Cíl předmětu -
Poslední úprava: doc. MUDr. Pavla Brennan Kearns, Ph.D. (09.09.2020)
Absolvent předmětu má získat tyto
DOVEDNOSTI:
rozpoznat:
design studie
zdroje matoucích faktorů, výběrového zkreslení a misklasifikace
možnost interpretovat výsledky kauzálně
analyzovat:
vliv zkreslení na výsledky studií
interní a externí validitu výsledků studií
přednosti a limitace studií s ohledem na jejich design
zhodnotit adekvátnost:
použitého designu pro výzkumnou otázku
použitých statistických metod
interpretace výsledků s ohledem na užitý design a statistické metody
demonstrovat schopnost:
orientovat se ve vědecké literatuře
prioritizovat kvalitní studie
efektivně komunikovat kritické zhodnocení studiÍ
POSTOJE:
pochopit etický rozměru výzkumu, princip informovaného souhlasu, rovnováhu mezi rizikem a benefitem pro účastníka studie
porozumět nutnosti aplikovat principy kritického hodnocení vědecké literatury pro podporu zdraví a poskytování zdravotní péče
považovat za prioritu integraci adekvátních vědeckých dat do klinické reality s ohledem na přednosti a limitace studií
základní druhy observačních a experimentálních studií
Poslední úprava: doc. MUDr. Pavla Brennan Kearns, Ph.D. (09.09.2020)
Students should gain the following
SKILLS:
recognize:
study design
sources of confounding, selection bias and misclassification
possibility for causal interpretation of results
analyse:
effects of bias on study results
internal and external validity of study results
strengths and limitations of studies given their design
assess adequacy of:
study design utilized for the research question
utilized statistical methods
interpretation of results given the utilized design and statistical methods
demonstrate:
orientation in scientific literature
ability to prioritize studies of higher quality
effective communication of critical appraisal of scientific studies
ATTITUDES
understand ethical perspective of research, principles of informed consent, balance between risk and benefits for study participants
understand the necessity to apply principle of critical appraisal of scientific literature for health promotion and improvement of health care
consider as a priority to integrate adequate scientific data into real clinical setting, given the strentghs and limitations of studies
KNOWLEDGE
demonstrate understanding of the following concepts:
association, correlation, causality
precision and validity
confounding, selection bias, misclassification
describe differences between
principles of experimental and observational studies
random and systematic errors
type I and type II errors
list:
criteria for determining causality
sampling methods
basic types of observational and experimental studies
Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (29.09.2022)
Zápočet je udělen za splnění těchto dvou podmínek: 1) Docházky, která spočívá v aktivní účasti na minimálně 2 z celkového počtu 6 praktických cvičení, na která student přijde připraven a 2) vyřešení tzv. "války se zombie".
1) Docházku na praktických cvičeních podepisuje vyučující po skončení praktického cvičení v „docházkovém archu“. Docházkový arch je k dispozici na modulu „výuka“ (můžete si ho sami vytisknout).
Fotografii či scan docházkového archu zašlete e-mailem na adresu: zombiewar3lf@gmail.com nejpozději 30.6.2022. Do předmětu uveďte "DOCHÁZKA"
Existuje možnost, že praktická cvičení budou probíhat distančně přes aplikaci zoom. Pokud se zúčastníte distančního praktické cvičení, poznamenejte to do docházkového archu termín, kterého jste se účastnili, podpis učitele se nevyžaduje; docházka je vedena automaticky.
Prosíme Vás, abyste se do zoomu přihlásili pomocí Vašeho celého jména a příjmení.
2) Řešení „války se zombie“ spočívá ve vypracování několika úkolů v kontextu potenciální pandemie způsobené Z-patogenem šířícím se planetou, který způsobuje přeměnu člověka na zombie. Vypracování úkolů je možné od 1.5.2021 do 21.5.2021 na webu http://zombiewar.cz/. Kontrola správnosti odpovědí proběhne do 21.6.2021. Pokud nesplníte kritéria nutná pro zápočet, budete vyzváni k opravě, a to maximálně dvakrát.
Podmínky zápočtu pro studenty vyjíždějící v rámci programu Erasmus:
Všichni studenti mají povinnost vyřešit „válku se zombie“. V případě, že kvůli výjezdu v rámci Erasmu nesplní povinnost docházky, bude každému studentovi přidělen náhradní individuální úkol. Prosíme tedy tyto studenty, aby si individuální úkol vyžádali na této adrese: eliska.selingerova@lf3.cuni.cz
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (29.09.2022)
Credit is awarded for meeting these two conditions: 1) Attendance, which consists of active participation in at least 2 of the total number of 6 practices and 2) solving the so-called "zombie war".
1) Attendance at practices is controlled by the teacher who will sign the "attendance sheet" after the practice. The attendance sheet is available for download at the "výuka" module (you can print it yourself).
Send a photo or a scan of the attendance sheet by e-mail to zombiewar3lf@gmail.com no later than June 30, 2022.
There is a possibility that some practices will take place remotely, for example via zoom. If you participate in a distance practice, note the date on the attendance sheet, the teacher's signature is not required; the attendance is recorded automatically.
Please log in to the remote environment using your full name.
2) The principle of the "zombie war" is to solve several tasks in the context of a potential pandemic caused by a planet-spreading Z-pathogen that is transforming humans into zombies. The tasks can be solved from 1.5.2022 to 21.5.2022 on the website http://zombiewar.cz/. The answers will be checked by 21.6.2021. If you do not meet the criteria required for the credit, you will be asked to correct it, a maximum of twice.
Credit conditions for outgoing students within the Erasmus program:
All students have a duty to solve the "zombie war". If a student does not fulfill the obligation to attend practices due to an Erasmus stay, they will be assigned a substitute individual task. We therefore ask these students to request an individual assignment at this address: eliska.selingerova@lf3.cuni.cz
Literatura -
Poslední úprava: doc. MUDr. Pavla Brennan Kearns, Ph.D. (09.09.2020)
Doporučená literatura:
Greenhalgh, T.: Jak pracovat s vědeckou publikací, Grada 2003
Gőpfertová, D. a kol: Epidemiologie – průvodce epidemiologickou metodou, Triton 1999
Šmerhovský, Z. a kol: Medicína založená na důkazech z pohledu klinické epidemiologie, Karolinum 2007
Poslední úprava: doc. MUDr. Pavla Brennan Kearns, Ph.D. (09.09.2020)
Výuka probíhá formou 2 přednášek a 6 praktických cvičení.
Poslední úprava: doc. MUDr. Pavla Brennan Kearns, Ph.D. (09.09.2020)
The course is held is in the form of 2 lectures and 6 practices.
Sylabus -
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (29.09.2022)
Přednáška 1. Úvod do evidence based medicine
Přednáška 2. Úvod do kritického čtení studií
Praktické cvičení v modulu Nefrologie, urologie, revmatologie a geriatrie
Praktické cvičení v modulu Kardiologie, angiologie, kardiochirurgie, pneumologie
Praktické cvičení v modulu Pediatrie, gynekologie a porodnictví
Praktické cvičení v modulu Ortopedie, traumatologie, anesteziologie a resuscitace
Praktické cvičení v modulu Diabetologie, endokrinologie, gastroenterologie a břišní chirurgie
Praktické cvičení v modulu Neurobehaviorální vědy I
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (29.09.2022)
Lecture 1: Introduction to evidence-based medicine
Lecture 2: Introduction to critical appraisal of medical studies
Practice in the module Nephrology, Urology, Rheumatology and Geriatrics
Practice in the module Cardiology, Angiology, Cardiac Surgery, Pneumology
Practice in the module Pediatrics, Gynecology and Obstetrics
Practice in the module Orthopedics, Traumatology, Anaesthesiology and Resuscitation
Practice in the module Diabetology, Endocrinology, Gastroenterology and Abdominal Surgery
Practice in the module Neurobehavioral Sciences I
Vstupní požadavky -
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (02.10.2021)
Na praktická cvičení je nutné se předem připravit
1) Nefrologie, urologie, revmatologie a geriatrie: Měření efektu nefarmakologických intervencí u pacientů s demencí
Příprava spočívá ve dvou úkolech:
Prvním úkolem je přečíst si tyto 2 články s protichůdnými závěry a rozdílným designem:
· Bernat-Carles Serda` i Ferrer, Arantza del Valle. A Rehabilitation Program for Alzheimer’s Disease. Journal of Nursing Research 2014
· Dong-mei Li, Xiao-xue Li. The effect of folk recreation program in improving symptoms: a study of Chinese elder dementia patients. International Journal of Geriatric Psychiatry 2016
Studenti se zamyslí nad designem těchto dvou studií a jejich výsledky a připraví si odpovědi na tyto otázky:
Jaké jsou silné stránky této studie?
Jaké jsou slabé stránky této studie?
Lze zlepšit kognici nefarmakologickými intervencemi?
Druhým úkolem je vyplnit s někým blízkým (ideálně s někým starším 60 let) dotazník Mini-Mental State Examination (MMSE).
Články i dotazník jsou k dispozici na modulu „výuka“ pod výukovou jednotkou nazvanou „Praktické cvičení v modulu Nefrologie, urologie, revmatologie a geriatrie“.
2) Neurobehaviorální vědy I: Systematická review a metaanalýzy
4) Pediatrie, gynekologie a porodnictví: Organizace Cochrane a domácí porody
Příprava na praktické cvičení spočívá v přečtení těchto 3 publikací, které jsou k dispozici na modulu „výuka“ pod výukovou jednotkou nazvanou „Praktické cvičení v modulu Pediatrie, gynekologie a porodnictví“:
· Ole Olsen, Jette A Clausen. Planned hospital birth versus planned home birth. Cochrane Database Syst Rev. 2012 Sep 12;9(9):CD000352.
· T A Wiegers, M J Keirse, J van der Zee, G A Berghs. Outcome of planned home and planned hospital births in low risk pregnancies: prospective study in midwifery practices in The Netherlands. BMJ 1996 Nov 23;313(7068):1309-13.
5) Diabetologie, endokrinologie, gastroenterologie a břišní chirurgie: Vitamín D na covid? Úvod do nutriční epidemiologie
TBD
6) Ortopedie, traumatologie, anesteziologie a resuscitace: Terapie glukokortikoidy u pacientů v septickém šoku
Podávání glukokortikoidů u septického šoku je v intenzivní péči kontroverzní téma od 70. let 20. století. Pacienti se septickým šokem mají relativní adrenální insuficienci a bylo pozorováno, že po podání glukokortikoidů se stav oběhu lepší. Jejich podání ale není zadarmo a je zatíženo celou řadou nežádoucích účinků, z nichž nejvýznamnější je jejich imunosupresivní účinek. Po prakticky úplném zavržení zažívají nyní glukokortikoidy v léčbě septického šoku renesanci, ale názory odborníků na přijatelnost jejich podávání se liší…
Příprava na praktické cvičení má dvě části:
1) Prvním úkolem je přečíst si následující dva články. Obě práce se zabývají podávání kortikoidů u septického šoku, probíhaly paralelně a oba články vyšly ve stejném čísle prestižního časopisu New England Journal of Medicine. Nechte se překvapit, jak to dopadlo.
· APPROCCHS trial: Annane, D., Renault, A., Brun-Buisson, C., Megarbane, B., Quenot, J.-P., Siami, S., . . . Martin, C. (2018). Hydrocortisone plus fludrocortisone for adults with septic shock. New England Journal of Medicine, 378(9), 809-818.
· ADRENAL trial: Venkatesh, B., Finfer, S., Cohen, J., Rajbhandari, D., Arabi, Y., Bellomo, R., . . . Myburgh, J. (2018). Adjunctive Glucocorticoid Therapy in Patients with Septic Shock. N Engl J Med, 378(9), 797-808. doi:10.1056/NEJMoa1705835
Články jsou k dispozici na modulu „výuka“ pod výukovou jednotkou nazvanou „Praktické cvičení v modulu Ortopedie, traumatologie, anesteziologie a resuscitace“.
Při čtení článků se zamyslete nad následujícími otázkami:
- Jaké byly cíle, metody a výsledky?
- Byly v těchto RCT použity analýzy „intention-to-treat“ nebo „per-protocol“?
- Jaké měly práce metodické limitace, které mohly zkreslit výsledek?
- Jaké byly primární a sekundární výstupy těchto studií? Proč si myslíte, že je důležité, zda byl nějaký výstup vybrán jako primární, resp. sekundární?
- Jak si myslíte, že tyto studie ovlivnily klinickou praxi? Podali byste u septického šoku hydrokortison? A fludrokortison?
Studie APPROCCHS a ADRENAL jsou založené na 50 letech bádání a klinických studií zabývající se suplementací kortikoidů u sepse. Pro pochopení problematiky je důležité rozumět kontextu. K tomu slouží rešerše literatury.
2) Druhým úkolem v rámci přípravy na praktické cvičení je provést krátkou rešerši literatury zaměřenou na benefit kortikosteroidů u septického šoku. K usnadnění rešerše slouží internetové vyhledavače a citační managery:
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (02.10.2021)
It is necessary to prepare for practices in advance.
1) Nephrology, Urology, Rheumatology and Geriatrics: Measuring the effect of non-pharmacological interventions in patients with dementia
Preparation for the practice consists of two tasks:
The first task is to read the following two studies, which used different designs and came to different conclusions:
Bernat-Carles Serda` i Ferrer, Arantza del Valle. A Rehabilitation Program for Alzheimer’s Disease. Journal of Nursing Research 2014
Dong-mei Li, Xiao-xue Li. The effect of folk recreation program in improving symptoms: a study of Chinese elder dementia patients. International Journal of Geriatric Psychiatry 2016
The students are supposed to think about the design of these two studies, their results and to prepare answers to these questions:
What are the strengths of this study?
What are the limitations of this study?
Is it possible to improve cognition with non-pharmacological interventions?
The second task is to fill out the Mini-Mental State Examination (MMSE) with a close person (ideally aged at least 60 years).
The papers and the MMSE form are available in the module „výuka“ under the class „Practice in the module Nephrology, Urology, Rheumatology and Geriatrics“.
2) Neurobehavioral Sciences I: Systematic reviews and metaanalysis
4) Pediatrics, Gynecology and Obstetrics: Cochrane Organization and Home Births
Preparation for the practice consists of reading these 3 publications, which are available in the module „výuka“ under the class „Practice in the module Pediatrics, Gynecology and Obstetrics“:
Ole Olsen, Jette A Clausen. Planned hospital birth versus planned home birth. Cochrane Database Syst Rev. 2012 Sep 12; 9 (9): CD000352.
Miranda L Davies-Tuck, Euan M Wallace, Mary-Ann Davey, Vickie Veitch, Jeremy Oats. Planned private homebirth in Victoria 2000-2015: a retrospective cohort study of Victorian perinatal data. BMC Pregnancy Childbirth. 2018 Sep 4; 18 (1): 357.
T A Wiegers, M J Keirse, J van der Zee, G A Berghs. Outcome of planned home and planned hospital births in low risk pregnancies: prospective study in midwifery practices in The Netherlands. BMJ 1996 Nov 23; 313 (7068): 1309-13.
5) Diabetology, Endocrinology, Gastroenterology and Abdominal Surgery: Vitamin D for covid-19? Intro to nutritional epidemiology
TBD
6) Orthopedics, Traumatology, Anaesthesiology and Resuscitation: Glucocorticoid therapy for patients in septic shock
The administration of glucocorticoids in septic shock has been a controversial topic in intensive care since the 1970s. Patients with septic shock have relative adrenal insufficiency and have been observed to improve circulatory function after glucocorticoid administration. However, their administration has its price in a number of side effects, the most significant of which is their immunosuppressive effect. After virtually complete rejection, glucocorticoids are now experiencing a renaissance in the treatment of septic shock, but experts differ on the acceptability of their use…
The preparation for the practice has two parts:
1) The first task is to read the following two articles. Both papers deal with the administration of corticoids in septic shock, ran in parallel and both were published in the same issue of the prestigious New England Journal of Medicine. Let´s see how the results turned out!
· APPROCCHS trial: Annane, D., Renault, A., Brun-Buisson, C., Megarbane, B., Quenot, J.-P., Siami, S., . . . Martin, C. (2018). Hydrocortisone plus fludrocortisone for adults with septic shock. New England Journal of Medicine, 378(9), 809-818.
· ADRENAL trial: Venkatesh, B., Finfer, S., Cohen, J., Rajbhandari, D., Arabi, Y., Bellomo, R., . . . Myburgh, J. (2018). Adjunctive Glucocorticoid Therapy in Patients with Septic Shock. N Engl J Med, 378(9), 797-808. doi:10.1056/NEJMoa1705835
The papers are available on the module „výuka“ under the class „Practice in Orthopedics, Traumatology, Anaestesiology and Resuscitation“.
While reading the articles, think of the following questions:
- What were the aims, methods and results?
- Were „intention-to-treat“ or „per-protocol“ analyses used in these RCTs?
- What methodological limitations were present in these studies and how could they bias the results?
- What were the primary and secondary outcomes of these studies? Why do you consider important, whether an outcome was chosen as a primary or a secondary one?
- How do you think the studies affected clinical practice? Would you administer hydrocortison to patients in septic shock? Or fludrocortison?
Studies APPROCCHS and ADRENAL are based on 50 years of research and clinical studies concerning administration of corticoids in sepsis. To fully understand the context, good literature search is necessary.
2) The second task is to conduct a short literature search concerning the benefits of corticosteroids for patients in septic shock. Online search engines and citation managers enable to perform such a search:
- Download the citation manager of your preference (in the tutorial, we chose Mendely + Web plug-in + Word plug-in)
- Conduct a short literature search on the given topic
- Save 4-5 randomized controlled trials into the citation manager (there have been approximately 10 since the 1970´s)
- Do a screen shot and send it to metodologie.ota@gmail.com latest during the day before the practice
The most commonly used search engines: Medline/Pubmed, Scopus, Web of Science, Google Scholar
The most commonly used citation managers: Procite, Endnote, Mendeley, Zotero, Connotea
Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (29.09.2022)
Zápočet je udělen za splnění těchto dvou podmínek: 1) Docházky, která spočívá v aktivní účasti na minimálně 2 z celkového počtu 6 praktických cvičení, na která student přijde připraven a 2) vyřešení tzv. "války se zombie".
1) Docházku na praktických cvičeních podepisuje vyučující po skončení praktického cvičení v „docházkovém archu“. Docházkový arch je k dispozici na modulu „výuka“ (můžete si ho sami vytisknout).
Fotografii či scan docházkového archu zašlete e-mailem na adresu: zombiewar3lf@gmail.com nejpozději 30.6.2022. Do předmětu uveďte "DOCHÁZKA"
Existuje možnost, že praktická cvičení budou probíhat distančně přes aplikaci zoom. Pokud se zúčastníte distančního praktické cvičení, poznamenejte to do docházkového archu termín, kterého jste se účastnili, podpis učitele se nevyžaduje; docházka je vedena automaticky.
Prosíme Vás, abyste se do zoomu přihlásili pomocí Vašeho celého jména a příjmení.
2) Řešení „války se zombie“ spočívá ve vypracování několika úkolů v kontextu potenciální pandemie způsobené Z-patogenem šířícím se planetou, který způsobuje přeměnu člověka na zombie. Vypracování úkolů je možné od 1.5.2021 do 21.5.2021 na webu http://zombiewar.cz/. Kontrola správnosti odpovědí proběhne do 21.6.2021. Pokud nesplníte kritéria nutná pro zápočet, budete vyzváni k opravě, a to maximálně dvakrát.
Podmínky zápočtu pro studenty vyjíždějící v rámci programu Erasmus:
Všichni studenti mají povinnost vyřešit „válku se zombie“. V případě, že kvůli výjezdu v rámci Erasmu nesplní povinnost docházky, bude každému studentovi přidělen náhradní individuální úkol. Prosíme tedy tyto studenty, aby si individuální úkol vyžádali na této adrese: eliska.selingerova@lf3.cuni.cz
Poslední úprava: MUDr. Eliška Selinger (29.09.2022)
Credit is awarded for meeting these two conditions: 1) Attendance, which consists of active participation in at least 2 of the total number of 6 practices and 2) solving the so-called "zombie war".
1) Attendance at practices is controlled by the teacher who will sign the "attendance sheet" after the practice. The attendance sheet is available for download at the "výuka" module (you can print it yourself).
Send a photo or a scan of the attendance sheet by e-mail to zombiewar3lf@gmail.com no later than June 30, 2022.
There is a possibility that some practices will take place remotely, for example via zoom. If you participate in a distance practice, note the date on the attendance sheet, the teacher's signature is not required; the attendance is recorded automatically.
Please log in to the remote environment using your full name.
2) The principle of the "zombie war" is to solve several tasks in the context of a potential pandemic caused by a planet-spreading Z-pathogen that is transforming humans into zombies. The tasks can be solved from 1.5.2022 to 21.5.2022 on the website http://zombiewar.cz/. The answers will be checked by 21.6.2021. If you do not meet the criteria required for the credit, you will be asked to correct it, a maximum of twice.
Credit conditions for outgoing students within the Erasmus program:
All students have a duty to solve the "zombie war". If a student does not fulfill the obligation to attend practices due to an Erasmus stay, they will be assigned a substitute individual task. We therefore ask these students to request an individual assignment at this address: eliska.selingerova@lf3.cuni.cz
