Poslední úprava: RNDr. Michaela Schierová, Ph.D. (01.03.2019)
Genomika: Microarray - přehled technologií a použití. Masivně paralelní sekvenování - přehled technologií a použití, srovnání s microarray qPCR -principy metody, použití, data.
Proteomika: Hmotová spektrometrie: využití, přístrojové vybavení. Peptide fingerprinting: identifikace proteinů pomocí MS. Sekvenování prptidů pomocí MS. Identifikace posttranslačních modifikací. LC-MSMS. Large-scale proteomika, včetně značení stabilními izotopy a kvantitativní proteomické analýzy intaktních proteinů.
Bioinformatika: Úvod: biologové a bioinformatika. Definice oboru, využití. Současné problémy bioinformatiky: velikost dat, délka readů. Aplikace: Microarray: analýza, normalizace, design, datová úložiště a jejich využití. NGS: směry využití. Problémy.
Průtoková cytometrie: princip metody, různé technologie, použití.
siRNA: princip použití siRNA, příklady použití včetně high-throughput skríningu
Produkce proteinů a jejich purifikace: různé varianty expresních systémů pro produkci proteinů. Aplikace, příklady, problémy
Vyučující:
Vladimir Benes [benes@embl.de] - genomics http://www.embl.de/services/core_facilities/genecore/members/index.php?s_personId=147
Jeroen Krijgveld [jeroen.krijgsveld@embl.de] - proteomics http://www.embl.de/research/units/genome_biology/krijgsveld/index.html
Jonathon Blake [blake@embl.de] - bioinformatics http://www.embl.de/services/core_facilities/genecore/index.html
Andy Riddell [riddell@embl.de] - flow cytometry http://fccfweb.embl-heidelberg.de/fccfweb/index.php?option=com_contact&task=view&contact_id=1&Itemid=93
Beate Neumann [bneumann@embl.de] - systematic siRNA approaches http://www.embl.de/almf/almf_services/contact/neumann/
Tobias Rausch [rausch@embl.de] - bioinformatics http://www.embl.de/~rausch/
Hüseyin Besir [besir@embl.de] - protein expression and purification http://www.embl.de/services/core_facilities/pepcore/members/index.php?s_personId=CP-60003254
Poslední úprava: RNDr. Martin Pospíšek, Ph.D. (01.04.2012)
2011 lecturer team will comprise (without titles):
Vladimir Benes [benes@embl.de] - genomics
http://www.embl.de/services/core_facilities/genecore/members/index.php?s_personId=147
Jeroen Krijgveld [jeroen.krijgsveld@embl.de] - proteomics
http://www.embl.de/research/units/genome_biology/krijgsveld/index.html
Jonathon Blake [blake@embl.de] - bioinformatics
http://www.embl.de/services/core_facilities/genecore/index.html
Andy Riddell [riddell@embl.de] - flow cytometry
http://fccfweb.embl-heidelberg.de/fccfweb/index.php?option=com_contact&task=view&contact_id=1&Itemid=93
Beate Neumann [bneumann@embl.de] - systematic siRNA approaches
http://www.embl.de/almf/almf_services/contact/neumann/
Tobias Rausch [rausch@embl.de] - bioinformatics
http://www.embl.de/~rausch/
Hüseyin Besir [besir@embl.de] - protein expression and purification
http://www.embl.de/services/core_facilities/pepcore/members/index.php?s_personId=CP-60003254
The covered topics will include:
Genomics:
Microarrays - overview of technologies & applications;
Massively parallel sequencing - overview of technologies & applications; comparison with microarrays
qPCR - principles, applications, data
Proteomics:
Mass spectrometry: what?s the purpose?
MS instrumentation
Peptide fingerprinting: protein identification by MS
Peptide sequencing by MS
Identification of post-translational modifications
LC-MSMS and large-scale proteomics, incl. examples
Stable-isotope labeling and quantitative proteomics
Analysis of intact proteins
Bioinformatics:
Introduction: Biologists and Bioinformatics
>What bioinformatics is
>What bioinformatics can do
>What it can?t do
>Current Challenges for bioinformatics
>Data sizes, Read lengths
Application 1: Microarrays
>Analysis
>Normalization
>Design
>Data Repositories and Mining
Application 2: Next Generation Sequencing
>The range of applications
>Data analysis by application
>What can go wrong and biases with counts
Flow cytometry:
The principles of flow cytometry
Technology overview
Assays, applications
siRNA
The principles of siRNAs
Technology overview
Applications, examples, including high-throughput screenings
Protein expression and purification
Introduction to various protein expression systems and technologies
Applications, examples, troubleshooting