Molekulární fylogenetika a taxonomie - MB160P21

• Anglický název: Molecular phylogenetics and systematics
• Zajišťuje: Katedra parazitologie (31-161)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2015 do 2015
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/0, Zk [DS]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Další informace: http://www.natur.cuni.cz/~vlada/moltax/
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.
• Vyučující: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.; Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (10.02.2010)

Cílem kurzu je seznámit posluchače se základními metodami a technikami molekulární fylogenetiky a s využitím molekulárně
biologických dat v systematice a navazujících biologických oborech. Obsah: Specifika molekulárně biologických dat, jejich
výhody a nevýhody. Získávání molekulárně biologických dat pro účely systematiky (sekvenování, RFLP, RAPD, AFLP,
alozymy, mikrosatelity, SSCP, reasociační analýza, imunologické metody, proteinový fingerprinting). Zpracovávání
získaných dat - fenetické a kladistické přístupy, distanční a znaková data, metody výpočtu distancí na základě různých
typů znakových dat, konstrukce dendrogramů.

angličtina

Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (23.09.2020)

Application of molecular biology techniques in taxonomy, epidemiology, forensic medicine, evolutionary biology, sociobiology. Basic laboratory techniques, sequencing, molecular fingerprinting, DNA hybridization, allozyme analysis, immunological techniques. Genetic distances, construction of phylogenetic trees, analysis of statistical support for the trees.

Literatura

Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (04.08.2011)

Felsenstein J: Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc., USA, 2004

Hillis DM, Moritz C a Mable BK: Molecular Systematics, second edition. Sinauer Associates, Inc., USA, 1996

Avise JC. Molecular Markers, Natural History and Evolution, second edition. Sinauer Associates, Inc., USA, 2004

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (23.09.2020)

Součásti zkoušky:

Písemná část (5 příkladů) - maximální zisk 10 bodů

Ústní část - maximální zisk 10 bodů

Nepovinný esej (2-3 strany) a jeho prezentace

(10 min.) - 4 body

Hodnocení:

11-13 bodů - dobře

14 - 17 bodů - velmi dobře

18 a více - výborně

Sylabus

Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (01.09.2017)

Předběžný rozpis pro rok 2015

Přednášky budou probíhat v parazitologické posluchárně v čase 11:15-12:45

9. 10.  - Úvod, taxonomie, molekulární znaky, sekvenace DNA (Hampl)

16. 10. - Alignment sekvencí (Novotný)

23. 10. - Databáze sekvencí a vyhledávání v nich (Novotný)

30. 10. - Jiné metody získávání molekulárních dat- multilokusové metody (RAPD, RFPL aj.), mikrosatelity, minisatelity, izoenzymová a alozymová analýza, imunologické metody (Hampl)

6. 11. - SNP, evoluce sekvencí, odhad evoluční vzdálenosti (Hampl)

13. 11. - Fylogenetické stromy I. - Proteinové distance, konstrukce fylogenetických stromů z matice distancí, anatomie stromů (Hampl)

20. 11. - Fylogenetické stromy II. Rate heterogeneity, prohledávání prostoru stromů, maximální parsimonie (Hampl)

27. 11. - Fylogenetické stromy III. - Metoda maximum likelihood, Bayéská metoda (Hampl)

4. 12. - Fylogenetické stromy IV. - Multigenové analýzy, určení věrohodnosti větvění stromů, nalezení kořene, testy topologie, Datování pomocí molekulárních hodin (Hampl)

11. 12. - Identifikace jedinců, určování rodičovství, DNA barcoding (Hampl)

18. 12. - Vnitrodruhová fylogeneze, struktura populace a genový tok, fylogeografie, příklady (Hampl)

8. 1. - Speciace a hybridizace, kryptické druhy, příklady (Reifová)

8. 1. 14:00 - Prezentace studentů