Metody molekulové dynamiky a Monte Carlo - NBCM051

• Anglický název: Molecular Dynamics and Monte Carlo Methods
• Zajišťuje: Katedra chemické fyziky a optiky (32-KCHFO)
• Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
• Platnost: od 2009 do 2014
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 5
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/1, Z+Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Způsob výuky: prezenční
• Garant: RNDr. Martina Roeselová, Ph.D.; prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
• Vyučující: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.; RNDr. Martina Roeselová, Ph.D.
• Třída: Fyzika
• Kategorizace předmětu: Fyzika > Biofyzika a chemická fyzika

Anotace

čeština

Úvod do metod molekulové dynamiky a Monte Carlo pro simulace molekulových systémů. Vhodné zejména pro magisterské studenty a doktorandy na MFF UK a PřF UK.

Poslední úprava: Procházka Marek, prof. RNDr., Ph.D. (28.01.2019)

angličtina

Introduction to molecular dynamics and Monte Carlo methods for simulating molecular systems. Suitable primarily for Ms. and PhD. students at MFF UK and PrF UK.

Poslední úprava: JUNGWIRT (29.05.2007)

Literatura

M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer simulations of liquids, Clarendon Press, Oxford, 1991.

D. Frenkel a B. Smit: Understanding molecular simulations, Academic Press, New York, 2002.

Poslední úprava: Procházka Marek, prof. RNDr., Ph.D. (28.01.2019)

Sylabus

čeština

1. Minikurz statistické mechaniky - statistické soubory, výpočet termodynamických veličin, korelační a distribuční funkce, ergodický teorém.

2. Meziatomové a mezimolekulové potenciály.

3. Integrace klasických pohybových rovnic - metody Verlet a prediktor-korektor (Gear)

4. Základy metod Monte Carlo. Metropolisova metoda generace kanonického souboru.

5. Simulační protokol: počáteční podmínky, vstupní parametry, periodické okrajové podmínky, interakční cutoff, Ewaldova sumace,

simulace za konstantní teploty a za konstantního tlaku.

6. Metody vizualizace a analýzy výsledků.

V rámci přednášky se bude konat jak teoretický výklad, tak praktické ukázky počítačových simulací.

Poslední úprava: Procházka Marek, prof. RNDr., Ph.D. (28.01.2019)

angličtina

1. Minireview of statistical mechanics - thermodynamic ensembles, calculation of thermodynamic variables, correlation and distribution functions, ergodic theorem.

2. Interatomic and intermolecular potentials.

3. Integration of classical equations of motion - Verlet method, predictor-corrector (Gear) method.

4. Basics of Monte Carlo methods. Metropolis method of generation of the canonical ensemble.

5. Simulation protocole: initial conditions, entry parameters, periodic boundary conditions, interaction cutoff, Ewald summation, methods of temperature and pressure control.

6. Methods of visualization and analysis of results.

Within the class there will be both theoretical lectures and practical demonstrations of computer simulations.

Poslední úprava: JUNGWIRT (30.05.2007)