Botanická mikrotechnika - MB130P32

• Anglický název: Botanical Microtechnique
• Zajišťuje: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2014 do 2016
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 5
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/2, Z+Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: 5
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Vysvětlení: Čas a místo konání přednášky bude upřesněno na semináři 2.10. 15 :00, V5 II.p
• Další informace: http://kfrserver.natur.cuni.cz/studium/prednasky/mikro/index.html
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D.
• Vyučující: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D.
• Třída: Mikrovlný procesor histologických vzorků; Původní předmět

Anotace

čeština

Poslední úprava: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D. (14.03.2019)

Přednáška poskytuje základní přehled o metodách světelné mikroskopie, přípravě preparátů z rostlinných objektů, získávání a zpracování obrazových dat z mikroskopu a vybraných histochemických postupech . Součástí kurzu je praktické cvičení zaměřené na osvojení základních dovedností a pochopení podstaty prováděných činností.

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)

Course should provide overview of light microscopy, preparation of plant objects to microscope, acquisition and processing of image data from the microscope and selected histochemical procedures. Integral part of the course is practical training pointed to gaining of practical skills and understanding of the methods.

Literatura

Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)

Baker JR (1958) Principles of biological microtechnique (a Study of Fixation and Dyeing). London: Methuen and Co. Ltd.

Johansen DA (1940) Plant Microtechnique. New York. McGraw-Hill Book Co. Inc.

O'Brien TP, & McCully ME (1981) The Study of Plant Structure,Principles and Selected Methods. Melbourne: Termarcarphi Pty. Ltd.

Němec B. a kol.: Botanická mikrotechnika. Nakladatelství ČSAV, Praha 1962

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D. (14.03.2019)

Kurz je ukončen ústní zkouškou. Zápočet je udělen za prezentaci malého, osobního projektu dokumentujícího zpracování vzorků od odběru přes mikrofotografii až k přípravě obrázků pro publikaci.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)

1. Mikroskopické preparáty

různé typy preparátů (trvalé, vitální, repliky) a jejich využití

fixace, dehydratace

zalévací média, infiltrace

2. Řezání rostlinných objektů v mikrotechnice

mikrotomy (ruční, rotační, sáňkové, kryotom)

nůž jeho údržba a použití

příprava ručních řezů

příprava parafínových řezů, nastavení mikrotomu

"žehlení" řezů a jejich lepení na sklíčka

3. Barvení preparátů (princip a metodika)

barviva (systém dělení, chemická povaha)

vazba barviva na cílovou strukturu

interpretace výsledků barvení

vybrané barvící postupy

4. Základy světelné mikroskopie a mikrofotografie

vysvětlení základních pojmů, složení mikroskopu

seřízení mikroskopu (Köhlerův princip)

údržba mikroskopu

některé techniky světelné mikroskopie

mikrofotografie.

5. Základní přehled histochemických metod v bot. mikrotechnice

co je a není histochemická detekce

kontrolní řezy, vliv předchozího ošetření (fixace)

interpretace získaných výsledků

vybrané postupy

6. Informace o možnostech editace a analýze obrazu

digitalizace obrazu a jeho parametry

editace digitálního obrazu (equalizace, filtrace,)

analýze obrazu (binární obraz, prahování, extrakce dat, dostupný software)

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)

1. Slides

various kinds of slides (permanent, vital, surface replicas), their preparation and use

fixation, dehydration

embedding (used media, infiltration)

2. Cutting of plant objects

microtomes (hand, rotary, sliding, cryotom)

knive - its usage and maintenance í

free-hand sections

paraffin method - cutting sections, adjustment of the microtome

straightening, and mounting of sections

3. Dyeing of specimens (principle and methods)

dyes (system, chemical nature)

principles of dyeing

interpretation of results

selected dyeing procedures

4. Light microscopy and microphotography

basic terms, microscope setup

microscope adjustment (Köhler´s principle)

maintenance of microscope

techniques of light microscopy

microphotography

5. Selected histochemical methods in botanical microtechnique

what is and what is not histochemical detection

adequate control, influence of pretreatments (fixation)

interpretation of results

selected methods

6. Basics on image processing and analysis

digitalisation of the image and its parameters

processing of the image (equalisation, filtration)

image analysis (thresholding, binary image, data extraction, software)