Proteiny signálních kaskád - MB150P09

• Anglický název: Proteins of Signaling Cascades
• Český název: Proteiny signálních kaskád
• Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2009 do 2018
• Semestr: letní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:
• Rozsah, examinace: letní s.:2/0, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: doc. RNDr. Petr Folk, CSc.
• Vyučující: doc. RNDr. Petr Folk, CSc.
• Neslučitelnost : MB150P09E
• Je neslučitelnost pro: MB150P09E

Anotace

čeština

Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (21.02.2018)

Předmět je vyučován anglicky v případě přítomnosti zahraničních studentů.

Přednáška je zaměřena na pochopení základních konceptů přenosu signálu v buňce. Na začátku jsou vysvětleny obecné principy fungování buněčných signálních sítí. Základní principy jsou ilustrovány na vybraných skupinách regulačních proteinů a při popisu důležitých signálních modulů. Posluchači se seznámí s novými pohledy na přenos signálu a regulaci exprese genů, které přináší postgenomová éra.

angličtina

Poslední úprava: doc. RNDr. Petr Folk, CSc. (06.07.2021)

The lectures can be given in English. Protein-protein and protein-DNA interactions play central roles in signal and energy transduction within the cell. In the first part, the course reviews principal signaling pathways such as calcium and phospholipid signaling, trimeric G-protein coupled signaling, MAPK cascades, or growth factor receptor signaling, among others. In the second and main part, important classes of regulatory proteins are presented in more detail, illustrating the structure-function relationship, significance for oncogenesis, and latest advancements in the field. Major topics: Protein serine kinases, protein tyrosine kinases, lipid kinases, phospholipases, adenylate and guanylate cyclases, protein domains important in signaling, growth factor and cytokine receptors, adaptor proteins, small G proteins, MAPK cascades, focal adhesion signaling, important classes of transcription factors and their modes of regulation, coactivators of transcription factors, complexes for modification and remodeling of chromatin, preinitiation complex of RNAPolII, nuclear structure and gene expression. MOLECULAR CELL BIOLOGY, 4th edition, 2000, LODISH, H., BERK, A., ZIPURSKY, S.L., MATSUDAIRA, P., BALTIMORE, D., DARNELL; J. W. H. Freeman and Company, New York; ISBN 0-7167-3136-3 Protein kinase functions, J. Woodget, Oxford University Press; ISBN 0-19-963770-9 Protein-Protein recognition, C. Kleanthous, Oxford University Press; ISBN 0-19-963760-1.

Literatura

Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (21.02.2018)

Biochemistry of Signal Transduction and Regulation, Second Edition, 2001, G. Kraus

ISBN: 3-527-30378 (softcover); 3-527-60005-1 (electronic)

vybrané kapitoly

Introduction to Protein Structure, Second Edition, 1999, C. Branden, J. Tooze

ISBN: 0-8153-2305-0

vybrané kapitoly

Frontiers in Molecular Biology Serie:

Protein Kinase Functions, 2000, J. Woodget, ed. ISBN: 0-19-963770-9

Protein/Protein Recognition, 2000, C. Kleanthous ISBN: 0-19-963760-1

Chromatin Structure and Gene Expression, Second ed., 2000, S.C.R. Elgin & J.L. Workman eds. ISBN: 0-19-963890-X

vybrané kapitoly

Topikální přehledné články

Science Transduction Knowledge Environment

Prerequisites a literatura pro všeobecný přehled o problematice :

Molecular Biology of the Cell, Fourth Edition, 2002, B. Alberts et al.

ISBN: 0-8153-4072-9

Parts

I-3 - Proteins

II-7 - Control of Gene Expression

IV-15 - Cell Communication

Kapitoly o přenosu signálu/ molekulární fyziologii v učebnicích Cell and Molecular Biology, Biochemistry atp.

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: doc. RNDr. František Půta, CSc. (25.04.2012)

Zkouška je ústní z celého rozsahu přednášené látky. Předpokládány jsou elementární znalosti z biochemie a buněčné biologie.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (21.02.2018)

Obecné charakteristiky buněčných signálních sítí

Kontextualita odpovědi na sledovaný signál, specificita receptorů vůči "prvním poslům"

Zesílení signálu na cestě od receptoru k efektorům, rozbíhání a sbíhání drah, existence uzlů, crosstalk

Kompartmentalizace přenosů pomocí membrán a proteinových skeletů

Vysoká mobilita signálních komponent

Kódování signálu amplitudou a frekvencí změny koncentrace "posla"

Využití reverzibilních posttranslačních modifikací , indukce proximity jako signál

Modulární výstavba signálních proteinů, rekogniční kódy, kombinatorická komplexita signálních elementů

Využití proteinových a RNA-"lešení" pro vznik signálních partikulí, využití řízeného foldingu a řízené proteolýzy signálních proteinů

Kooperativní charakter buněčných odpovědí , kvantitativní limity pro vznik kvalitativních změn, konsolidace signálu

uspořádané spouštění buněčných efektorových systémů, desenzitizace

Protein-protein a protein-DNA rekognice

S/T-specifické kinázy a fosfatázy (PKA), Y-specifické kinázy (Src), Receptory s Y-kinázovou aktivitou (InsR)

Nadrodina steroidních-thyroidních receptorů

NF-kappaB, p53/pRb, TGF-beta/Smad, Delta/Notch/CBF

Koregulátory a histonový rekogniční kód

Integrovaný model regulace genové exprese eukaryot

angličtina

Poslední úprava: doc. RNDr. Petr Folk, CSc. (06.07.2021)

Up-to-date english version of the syllabus is available upon request.