Úvod do aplikací geometrické morfometriky - MB120P27

• Anglický název: Introduction to applications of geometric morphometrics
• Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2011 do 2012
• Semestr: letní
• E-Kredity: 2
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:
• Rozsah, examinace: letní s.:1/1, Z [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: nevyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Další informace: http://botany.natur.cuni.cz/neustupa/gm-seminar.html
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: prof. RNDr. Jiří Neustupa, Ph.D.

Anotace

čeština

Praktický seminář a cvičení jehož cílem je naučit se prakticky používat některé nejvýznamnější metody geometrické morfometriky při řešení biologických problémů. Obsahem předmětu bude vždy krátké seznámení s probíranou metodou a posléze práce s konkrétním relevantním software (TPS package, SHAPE, IMP, PAST). Pro absolvování předmětu předpokládáme předchozí či paralelní absolvování předmětu B120P83 "Základy fenetiky a kladistiky".

Poslední úprava: Neustupa Jiří, prof. RNDr., Ph.D. (24.11.2013)

angličtina

Please note, the lectures are given in Czech language only. Practises of some important methods of geometric morphometrics in biology. The aim of the practises is to provide a basic background to GM methods and a to work with relevant software (software (TPS package, SHAPE, IMP, PAST) by analysing sample data sets. The practises should be attended after or parallelly with the lecture B120P83 "Introduction to phenetics and cladistics".

Poslední úprava: Neustupa Jiří, prof. RNDr., Ph.D. (10.10.2017)

Sylabus

čeština

1. Úvod (internetové stránky, přehled software). Obrysové metody, příprava objektů pro eliptickou Fourierovu analýzu (EFA).

2. 2-D EFA - digitalizace obrysů, harmonické koeficienty, zpracování a hodnocení výsledků, rekonstrukce obrysů (programy SHAPE a PAST).

3. Landmarkové metody - digitalizace landmarků, Booksteinovy tvarové souřadnice, generalizovaná prokrustovská analýza, thin plate spline. Hlavní a částečné warpy, analýza relativních warpů - vliv parametru ?. Mnohorozměrná regrese nezávislých proměnných na tvarové proměnné, metoda parciálních nejmenších čtverců. Rekonstrukce teoretických či průměrných tvarů. CVA tvarových proměnných při analýze skupinových rozdílů. Programy TPS package a IMP.

4. Semilandmarky. Použití landmarkových metod na struktury bez homologních landmarků.

Vytváření semilandmarků, jejich aplikace při GM analýze. TPS package.

Literatura:

1. Dryden, I.L. & Mardia, K.V. (1998): Statistical shape analysis. - John Wiley & Sons, New York.

2. http://life.bio.sunysb.edu/morph/

Poslední úprava: Neustupa Jiří, prof. RNDr., Ph.D. (24.11.2013)

angličtina

1. Introduction (internet resources, software). Outline methods, the preparation of objects for elliptic Fourier analysis (EFA).

2. 2-D EFA - digitalisation of outlines, harmonic coefficients, processing and interpretation of results, reconstruction of outlines (software: SHAPE and PAST).

3. Landmark methods - digitalisation of landmarks, Bookstein shape coordinates, generalised Procrustes analysis, thin plate spline. Principal and partial warps, analysis of relative warps - the influence of parameter ?. Multivariate regression of independent variables to shape variables, method of partial least squares. Reconstruction od theoretical or averagwe shapes. CVA of shape variables in the course of analysis of group differences. Software: TPS package and IMP.

4. Semilandmarks. The application of landmark methods to structures without homologous landmarks points. The generation of semilandmarks, their application by GM analysis. Software: TPS package.

Literature:

1. Dryden, I.L. & Mardia, K.V. (1998): Statistical shape analysis. - John Wiley & Sons, New York.

2. http://life.bio.sunysb.edu/morph/

Poslední úprava: Neustupa Jiří, prof. RNDr., Ph.D. (10.10.2017)