PředmětyPředměty(verze: 964)
Předmět, akademický rok 2024/2025
   Přihlásit přes CAS
Základy molekulového modelování léčiv - GF316
Anglický název: Basics of Molecular Modelling of Drugs
Zajišťuje: Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy (16-16190)
Fakulta: Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
Platnost: od 2024
Semestr: zimní
Body: 0
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:písemná
Rozsah, examinace: zimní s.:14/14, Z+Zk [HS]
Počet míst: neomezen / 33 (neurčen)
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Kompetence:  
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Poznámka: odhlásit z termínu zkoušky při nesplněné rekvizitě
předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: doc. PharmDr. Jan Zitko, Ph.D.
Korekvizity : GF342
Neslučitelnost : GF362
Záměnnost : GF362
Ve slož. prerekvizitě: GF1002
Anotace -
Cílem předmětu je seznámit studenty se základními metodami počítačem podporovaného vývoje léčiv (Computer Aided Drug Design, CADD). Metody CADD jsou dnes rutinně využívány k racionálnímu návrhu nových biologicky aktivních molekul (léčiv). Studenti se seznámí se základními teoretickými principy modelování malých molekul (léčivo), biologických struktur (receptor) a jejich vzájemných interakcí. Důraz bude kladen na praktickou aplikaci těchto metod, která bude procvičována v rámci seminářů. Cílem předmětu je základní orientace studentů v metodách CADD a pochopení jejich principů a možností využití. Po absolvování předmětu by student měl být schopen samostatně vypracovat jednoduchý projekt CADD. Témata: Místa účinku léčiv, Struktura proteinů, Informační systémy a databáze, In silico predikce fyzikálně-chemických vlastností, Interakce léčivo-receptor, Experimentální metody sledování interakce léčivo - receptor, Racionální metody návrhu a vývoje léčiv se známým receptorem (structure-based drug design), Molekulární docking. Molekulární dynamika, Racionální metody návrhu a vývoje léčiv s neznámým receptorem (ligand-based drug design), Kvantitativní analýza vztahů struktura - účinek (QSAR), Farmakoforové modely, Případové studie.
Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (30.08.2024)
Podmínky zakončení předmětu -

Podmínkou udělení zápočtu je splnění následujících podmínek: aktivní účast na všech seminářích (absence povoleny pouze ze závažných důvodů a budou řešeny individuálně), dostatečně kvalitní vypracování úkolů řešených v rámci seminářů, dostatečně kvalitní vypracování závěrečného projektu v rámci posledního semináře. Úspěšné složení zkoušky je podmíněno dostatečným bodovým ziskem v písemném zkouškovém testu. 

Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (30.08.2024)
Literatura

Doporučená:

  • Young, D. C.. Computational Drug Design: A Guide for Computational and Medicinal Chemists. : WILEY-VCH, 2009, 344 s. ISBN 978-0-470-12685-1.
  • Brown, Nathan. In silico medicinal chemistry : computational methods to support drug design. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2016, 220 s. ISBN 978-1-78262-163-8.

Volitelná:

  • Davis, Andrew Ward, Simon E. (eds.). The handbook of medicinal chemistry : principles and practice. Cambridge, UK: Royal Society of Chemistry, 2015, 753 s. ISBN 978-1-84973-625-1.
  • Hans-Dieter Höltje et al.. Molecular Modelling.. : WILEY-VCH, 2008, 320 s. ISBN 978-3-527-31568-0.

Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (24.03.2025)
Metody výuky

Výuka formou přednášek a seminářů. Účast na přednáškách je doporučená. Znalosti z přednášek budou ověřovány zkouškovým testem. Přednášky jsou koncipovány tak, aby studenty připravily na práci v následujícím semináři. Semináře slouží k praktickému nácviku práce v programech pro CADD.

Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (30.09.2022)
Požadavky ke zkoušce

Praktické dovednosti získané na seminářích, teoretické znalosti z přednášek.

Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (30.09.2022)
Sylabus -
  • Místa účinku léčiv. Struktura proteinů, struktura nukleových kyselin. Význam jednotlivých aminokyselin pro terciární strukturu proteinu a pro katalýzu biochemických reakcí.
  • In silico predikce 3D struktury proteinů. Homologní modely a možnosti jejich využití. Vytváření homologního modelu, automatizované webové služby pro tvorbu homologních modelů. Kritické hodnocení kvality homologního modelu. (Ramachandran plot).
  • Racionální přístupy k návrhu a vývoji nových léčiv. Kombinatoriální knihovny. Chemické informační systémy a databáze. Biologické informační systémy a databáze. Krystalografické databáze. Kritické posuzování kvality 3D struktury proteinů. Získávání dat z veřejně dostupných zdrojů (data mining).
  • Význam fyzikálně-chemických vlastností pro účinek léčiv. Metody in silico predikce fyzikálně-chemických vlastností sloučenin. In silico predikce farmakokinetických parametrů, metabolismu a toxicity sloučenin.
  • Kvantitativní analýza vztahů struktura - účinek (QSAR) a vztahů struktura - fyzikálně-chemické vlastnosti (QSPR).
  • Interakce léčivo-receptor, mezimolekulové sily, vodíkové vazby.
  • Experimentální metody sledování interakce léčivo – receptor. Rentgenová krystalografická analýza, NMR experimenty, využití radioligandů, isotermická titrační kalorimetrie, změna teploty tání proteinu (thermal shift assay).
  • In silico metody sledování interakce léčivo – receptor. Molekulární docking. Molekulární dynamika.
  • Přehled metod molekulárního dockingu. Rigid docking, flexible docking. Vyhledávací funkce, algoritmus pro hledání konformerů, skórovací funkce. Přehled běžných programů pro molekulární docking a srovnání jejich funkcí. Volně dostupné programy (AutoDock Vina, DOCK), komerčně dostupné programy, online dokovací služby (servery).
  • Kritické hodnocení výsledků molekulárního dockingu. Speciální využití molekulárního dockingu – virtuální screening (HTVS), modifikace ligandu (ligand growth).
  • Racionální metody návrhu a vývoje léčiv se známým receptorem (Structure-based drug design).
  • Racionální metody návrhu a vývoje léčiv s neznámým receptorem (Ligand-based drug design). QSAR. Farmakoforové modely. 3D-QSAR.
  • Případové studie. Příklady významných účinných látek vyvíjených či vyvinutých s metodami počítačem podporovaného návrhu léčiv (Computer Aided Drug Design, CADD).
Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (30.08.2024)
Studijní opory

E-learning Moodle: Základy molekulového modelování léčiv
https://dl1.cuni.cz/enrol/index.php?id=4846

Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (30.09.2022)
Výsledky učení -

Předmět Základy molekulového modelování léčiv navazuje na znalosti a dovednosti získané v předmětech: Obecná a bioorganická chemie, Organická chemie I a II, Fyzikální chemie, Biochemie, Farmakologie, Farmaceutická chemie (nebo obdobných předmětů).
Studující po absolvování předmětu umí použít následující termíny (včetně jejich běžně užívaných zkratek) ve správném kontextu směrem k počítačovému modelování biologicky aktivních molekul: ligand, receptor, vazebné místo, intermolekulární interakce, vodíková vazba, iontová interakce, halogenová vazba, pi-pi interakce, hydrofóbní interakce, homologní model (proteinu), Ramachandranův diagram, konformace, AlphaFold, PDB, ChEMBL, PubChem, ZINC, CADD, structure-based drug design, ligand-based drug design, SBDD, LBDD, HTVS, de novo design, docking, molekulová dynamika, MD, molekulová mechanika, MM, kvantová mechanika, QM, silové pole, energetická minimalizace, RMSD, RMSF, QSAR, QSPR, farmakofor, molecular fingerprint, Tanimoto index.

Výsledky učení:
Studující na základě získaných znalostí a dovedností:

  • definují základní pojmy, principy a cíle počítačem podporovaného vývoje léčiv (CADD);
  • orientují se ve strukturách proteinů, typech vazeb a interakcích mezi léčivem a cílovou biologickou strukturou;
  • identifikují a popíší základní principy modelování malých molekul a biologických struktur (molekulová mechanika, kvantová mechanika);
  • použijí veřejně dostupné databáze a nástroje pro modelování 3D struktur biologických cílů a malých molekul;
  • provedou přípravu malých molekul a receptoru za účelem modelování;
  • provedou základní molekulární docking a vyhodnotí jeho výsledky pomocí skórovacích funkcí a vizualizačních nástrojů;
  • provedou vyhledávání potenciálních ligandů daného receptoru pomocí 3D farmakoforového modelu;
  • vysvětlí principy molekulové dynamiky a možnosti jejího využití pro studium interakcí léčivo–receptor;
  • navrhnou a vypracují jednoduchý CADD projekt.
Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (24.03.2025)
Vstupní požadavky

Předmět vyžaduje základní znalosti získané absolvováním profilového předmětu Farmaceutická chemie I a II a přípravných disciplín jako je organická a bioorganická chemie a biochemie. Dále je předpokládána schopnost základní práce s počítačem (MS Windows, kopírování a přejmenonování souborů, zipování) a znalost anglického jazyka na základní úrovni (terminologie, ovládání software, který není lokalizovaný do češtiny).

Poslední úprava: Zitko Jan, doc. PharmDr., Ph.D. (30.09.2022)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK