Genomics - Approaches and Algorithms - MB151P111

• Title: Genomika - postupy a algoritmy
• Czech title: Genomika - postupy a algoritmy
• Guaranteed by: Department of Cell Biology (31-151)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2023
• Semester: winter
• E-Credits: 5
• Examination process: winter s.:combined
• Hours per week, examination: winter s.:2/2, C+Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: cancelled
• Language: Czech
• Explanation: Předmět je nahrazen MB151P130
• Guarantor: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D.; Mgr. Petr Daněček, Ph.D.
• Incompatibility : MB151P102, MB151P130
• Is incompatible with: MB151P129, MB151P130, MB151P102

Annotation

Last update: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D. (22.10.2020)

Přednáška seznámí s metodami a technologiemi NGS sekvenování DNA a analýzy genomických dat, včetně vysvětlení klíčových relevantních algoritmů.
U vybraných nejběžnějších metod (RNA-seq, ChIP-seq, sekvenování genomů a variant calling atd.) bude detailně vysvětlen design experimentů a laboratorní i bioinformatická část metody.

Na praktických cvičeních si pak studenti vyzkouší práci se sekvenačními daty a typické analytické postupy.
Pro praktická cvičení se předpokládá základní znalost práce v linuxu a na příkazové řádce (na individuální doplnění potřebných znalostí bude čas v průběhu semestru; praktikum probíhá turnusově až ve zkouškovém období).

Kurz je primárně určený pro studenty bioinformatiky. Biologům doporučujeme absolvovat spíše předmět Methods in Genomics (MB151P129).

V době epidemiologických omezení bude kurz probíhat online na https://meet.google.com/icu-cjis-yep ve standardní rozvrhovaný čas.
(popř. https://meet.google.com/aue-dhup-joq pro přednášky P. Daněčka)

Literature

Last update: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D. (28.05.2019)

Materiály z přednášek a cvičení reflektující aktuální vývoj v oboru.

Dostupné v Moodle.

Requirements to the exam

Last update: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D. (15.02.2021)

zápočet - aktivní účast na turnusovém praktickém cvičení

zkouška - schopnost aplikovat informace z přednášek bude ověřena ústní a písemnou formou (např. řešení modelových situací)

 

Kvůli pandemii probíhá zkoušení online na platformě Google Meet. Dodatečné termíny budou v letním semestru vypisovány dle potřeby po dohodě se studenty.

Syllabus

Last update: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D. (25.03.2019)

Microarrays
Sequencing technologies
QC
Resources - databases & large projects
Mapping
Assembly
Variant calling
CNV calling
Phasing/Imputation
RNA-seq, single-cell analyses
ChIP-seq
Structural variation
Metagenomics
Data integration, visualization

 

Turnusové praktické cvičení je zaměřeno na analýzy NGS dat

Entry requirements

Last update: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D. (28.05.2019)

Pro praktická cvičení v počítačové učebně je nutné mít funkční login do CAS (https://ldap1.cuni.cz/).