Methods in genomics - MB151P102

• Title: Genomické metody
• Czech title: Genomické metody
• Guaranteed by: Department of Cell Biology (31-151)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2020
• Semester: summer
• E-Credits: 5
• Examination process: summer s.:combined
• Hours per week, examination: summer s.:2/2, C+Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: cancelled
• Language: Czech
• Explanation: nahrazen MB151P129
• Guarantor: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D.
• Incompatibility : MB151P111
• Is incompatible with: MB151P111

Annotation

Genomické metody studia biologických jevů jsou dnes již široce rozšířené napříč obory a lze očekávat, že se
postupně stanou základní výbavou každého biologa. Narozdíl od "klasických" přístupů, které typicky studují jeden
nebo několik málo vybraných genů/transkriptů atd., analyzují genomické přístupy celé genomy/transkriptomy, a
umožňují tak získat globální náhled na studovanou problematiku a postihnout širší kontext. Přednáška se věnuje
základnímu spektru genomických metod a přístupů s důrazem na pochopení konceptu "omického"
výzkumu. Součástí přednášky jsou i konkrétní ukázky designu a vyhodnocování genomických experimentů.
Analýzu dat získaných pomocí probíraných metod si studenti vyzkouší v rámci praktických cvičení v počítačové
laboratoři. Kurz je vhodný pro Bc/Mgr studenty experimentálních biologických oborů. Předpokladem je základní
znalost buněčné a molekulární biologie, genetiky a (alespoň trochu) statistiky.

Last update: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (25.03.2019)

Course completion requirements

Podmínkou pro získání zápoètu je aktivní úèast na praktických cvièeních a úspìšné vyøešení zadaného zápoètového úkolu (bude vycházet z pøedchozí náplnì cvièení).

Pro získání zkoušky je nutný zápoèet z praktických cvièení a úspìšné absolvování písemného nebo ústního testu (mùže být kombinováno).

Last update: Půta František, doc. RNDr., CSc. (15.05.2015)

Literature

Materiály z přednášek a cvičení reflektující aktuální vývoj v oboru.

Dostupné v Moodle.

Last update: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (10.10.2018)

Requirements to the exam

zápočet - aktivní účast na praktických cvičeních

zkouška - schopnost aplikovat informace z přednášek bude ověřena písemnou formou a následně praktickou částí

Last update: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (12.06.2019)

Syllabus

 

Témata přednášek:
- microarrays, next generation sequencing - jak fungují, možnosti využití, jejich přednosti a limitace
- analýzy genomu, transkriptomu (RNA-seq), translatomu..., single-cell analýzy
- genetické interakce - knihovny (delečních) mutantů, synthetic genetic array, siRNA screens, mapování funkční architektury buňky
- chemical genetics - hledání cílů pro nové terapie
- epigenomika - chromatinové modifikace, ChIP-seq
- analýza 3D jaderné architektury - metody chromosomal conformation capture
- metagenomické analýzy - analýza environmentálních vzorků, složení mikrobiálních společenstev
- nástroje pro zpracování a analýzu genomických dat - Galaxy framework, genome browsers...
- vizualizace genomických dat
- integrace dat z různých metod
- databáze pro "omics" data

Praktická cvičení budou založena na online zdrojích a nástrojích (např. Galaxy). Znalost programování NENÍ třeba.

Last update: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (20.05.2020)

Entry requirements

Pro pochopení probírané látky je potřeba všeobecná znalost buněčné a molekulární biologie, genetiky a bazální znalost statistiky. 

Pro praktická cvičení v počítačové učebně je nutné mít funkční login do CAS (https://ldap1.cuni.cz/).

Last update: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (24.03.2016)