|
|
|
||
Last update: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (13.05.2022)
|
|
||
Last update: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (13.05.2022)
Zápočet se uděluje za řešení zadaných úloh. Zkouška je ústní. |
|
||
Last update: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (12.05.2023)
I. Nezbeda, J. Kolafa, M. Kotrla, Úvod do počítačových simulací: Metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, Karolinum 2003
D. Landau, K. Binder, A Guide to Monte Carlo Simulations in Statistical Physics, Cambridge University Press 2002
M.E.J. Newman, G.T. Barkema, Monte Carlo Methods in Statistical Physics, Oxford University Press 2002
D. Frenkel, B. Smit, Understanding molecular simulation, Academic Press, San Diego, USA 2002 |
|
||
Last update: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (12.05.2023)
Požadavky k ústní zkoušce odpovídají sylabu, v detailech pak tomu, co bylo během semestru odpřednášeno. Zkouška se skládá za dvou částí: otázka o Monte Carlo simulacích a otázka o molekulárně dynamických simulacích. Známka se stanoví na základě hodnocení obou částí případně s přihlédnutím k výsledkům zápočtovým pracím, v případě nejednoznačného výsledku je možno položit doplňující otázku.
Nutným předpokladem pro zkoušku je získání zápočtu. Zápočet se uděluje na základě písemných protokolů o řešení zadaných úloh. |
|
||
Last update: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (12.05.2023)
Laboratory and computer experiment, Monte Carlo (MC) and Molecular Dynamics (MD) methods. Description of many-body system, inter-molecular forces. Elementary MC Mathematical formulation of the problem, naive and importance sampling, Metropolis algorithm, random number generation, boundary conditions and technical details. MC simulation of lattice systems Percolation threshold , random walk, Hoshen-Kopelman algorithm for cluster distribution, Ising model - Metropolisův and Wolf algorithm, Heisenberg model - Binder’s cumulants. MC simulation of simple liquid Radial distribution function, structure factor. Applications: hard-sphere liquid and Lennard-Jones liquid. Elementary MD Equations of motion, Verlet a Gear integrators, measurements in MD, temperature in MD, boundary conditions for continuous system, kinetic coefficients. Implementation of MD and examples Choice of integrator, range of interaction vs. system size. Applications: particles in homogeneous and radial gravitational field, homogenous Lennard-Jones liquid. Simulations in various thermodynamic ensembles MC: simulation in NPT ensemble, grand canonical ensemble, non-Boltzmann sampling of configuration space, MD: simulation at constant temperature by rescaling of velocities, frictional thermostat, simulation for constant pressure. |