This course introduces students to the principles and applications of flow cytometry as a key method in modern biological and biomedical research. The course covers fundamental concepts, experimental design, basic data analysis, and interpretation of cytometric results. In addition to classical applications, students are exposed to diverse and emerging uses of cytometry through practical exercises, literature-based presentations, and guided reflection. The course combines scientific rigor with active learning and prepares students to critically evaluate and meaningfully apply cytometry in research and practice.
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
Předmět Cytometry představuje studentům principy a využití průtokové cytometrie jako klíčové metody moderního biologického a biomedicínského výzkumu. Kurz se zaměřuje na základní koncepty, návrh experimentů, základní analýzu dat a interpretaci cytometrických výsledků. Vedle klasických aplikací jsou studenti seznámeni s rozmanitými a nově se rozvíjejícími oblastmi využití cytometrie prostřednictvím praktických cvičení, prezentací odborných článků a řízené reflexe. Kurz kombinuje vědeckou rigoróznost s aktivními formami výuky a připravuje studenty na kritické hodnocení a smysluplné využití cytometrie ve výzkumu i praxi.
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
Literature -
Beginners: GIVAN, Alice. L.: Flow Cytometry: First Principles, Wiley-Liss, New York, 2001, ISBN-13: 978-0471382249 ORMEROD, Michael. G.: Flow Cytometry - A Basic Introduction, http://flowbook.denovosoftware.com/
Intermediate: DARZYNKIEWICZ, Zbygniew et al.: Methods In Cell Biology, Vol. 103: Recent Advances in Cytometry, Part A, Academic Press, Amsterdam, 2011. DOLEŽEL, Jaroslav et al.: Flow Cytometry with Plant Cells. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 2007, ISBN-13: 978-3527314874
Protocols, webinars: ROBINSON, J. Paul. et al.: Current Protocols in Cytometry, John Wiley & Sons, New York, 2003, ISBN-13: 978-0471142959
An additional information about selected education videos and MOOC courses will be provided during the course.
Last update: Drbal Karel, RNDr., Ph.D. (31.08.2023)
Pro začátečníky: GIVAN, Alice. L.: Flow Cytometry: First Principles, Wiley-Liss, New York, 2001, ISBN-13: 978-0471382249 ORMEROD, Michael. G.: Flow Cytometry - A Basic Introduction, http://flowbook.denovosoftware.com/
Pro středně pokročilé: DARZYNKIEWICZ, Zbygniew et al.: Methods In Cell Biology, Vol. 103: Recent Advances in Cytometry, Part A, Academic Press, Amsterdam, 2011. DOLEŽEL, Jaroslav et al.: Flow Cytometry with Plant Cells. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 2007, ISBN-13: 978-3527314874
Metodické učebnice a návody: ROBINSON, J. Paul. et al.: Current Protocols in Cytometry, John Wiley & Sons, New York, 2003, ISBN-13: 978-0471142959
Last update: Drbal Karel, RNDr., Ph.D. (31.08.2023)
Requirements to the exam -
To obtain credit for the course, students are required to:
Demonstrate understanding of core flow cytometry principles, assessed through knowledge-based evaluation (e.g. tests or quizzes).
Actively participate in practical and applied tasks, including basic data analysis and panel or experiment design.
Complete a journal club–style presentation of a selected scientific paper using flow cytometry.
Participate in experiential learning activities, such as job shadowing in a cytometry-related laboratory or workplace, and reflect on this experience.
Engage in integrative course activities, including creative or reflective tasks (e.g. Creative Cytometry), aimed at connecting cytometry concepts with broader scientific or real-world contexts.
Successful completion of the course requires both sufficient knowledge and active engagement in the above activities.
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
Pro udělení zápočtu / absolvování zkoušky musí student:
Prokázat porozumění základním principům průtokové cytometrie, ověřované znalostním hodnocením (např. testy nebo kvízy).
Aktivně se účastnit praktických a aplikačních úloh, včetně základní analýzy dat a návrhu panelu nebo experimentu.
Zpracovat a prezentovat odborný článek využívající průtokovou cytometrii formou journal club prezentace.
Absolvovat zkušenostní vzdělávací aktivitu, například job shadowing v laboratoři nebo pracovišti využívajícím cytometrii, a tuto zkušenost reflektovat.
Zapojit se do integračních aktivit kurzu, včetně kreativních nebo reflexivních úloh (např. Creative Cytometry), které propojují cytometrické koncepty s širším vědeckým či praktickým kontextem.
Úspěšné absolvování kurzu vyžaduje jak osvojení znalostí, tak aktivní zapojení do uvedených aktivit.
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
Syllabus -
Introduction to flow cytometry
Principles of flow cytometer operation; basics of data analysis
Fluorescence, spectral overlap and compensation; overview of cytometry applications
Sample preparation for flow cytometry; advanced cytometry methods
Cell sorting; principles of experimental design
Flow cytometry in immunology: phenotyping and functional analysis of lymphocytes; multiparametric analysis
Plant flow cytometry: DNA content, cell cycle, proliferation
Clinical flow cytometry
Cell death analysis: apoptosis
Flow cytometry in real life: applications, career opportunities, publication of cytometry data
Small particle flow cytometry; functional probes
Creative approaches to flow cytometry; journal club
Credit week; journal club presentations
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
Úvod do průtokové cytometrie
Princip fungování cytometru; základy analýzy dat
Fluorescence, spektrální překryv a kompenzace; přehled aplikací cytometrie
Příprava vzorků pro průtokovou cytometrii; pokročilé metody cytometrie
Buněčné sortování; principy návrhu experimentu
Cytometrie v imunologii: fenotypizace a funkční analýza lymfocytů; mnohoparametrická analýza
Cytometrie rostlin: obsah DNA, buněčný cyklus, proliferace
Klinická průtoková cytometrie
Analýza buněčné smrti: apoptóza
Cytometrie v reálném životě: aplikace, možnosti uplatnění, publikace cytometrických dat
Cytometrie malých částic; funkční sondy
Cytometrie kreativně; journal club
Zápočtový týden; journal club prezentace
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
Learning outcomes -
After successful completion of the course, the student will be able to:
Explain the basic principles of flow cytometryand understand its strengths and limitations as a scientific method.
Design a simple flow cytometry experiment, including formulation of a biological question and basic panel design.
Apply fundamental principles of flow cytometry data analysis, including gating strategies and interpretation of results.
Critically evaluate scientific literaturethat uses flow cytometry and assess the appropriateness of the method for different biological questions.
Demonstrate basic awareness of practical aspects of flow cytometry, including sample preparation, instrument operation, and laboratory safety.
Communicate cytometry-related concepts clearly, both orally and in written form, to audiences with different levels of prior knowledge.
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
Po úspěšném absolvování kurzu bude student schopen:
Vysvětlit základní principy průtokové cytometriea porozumět jejím silným stránkám a omezením jako vědecké metody.
Navrhnout jednoduchý experiment průtokové cytometrie, včetně formulace biologické otázky a základního návrhu panelu.
Použít základní principy analýzy dat z průtokové cytometrie, včetně gatingových strategií a interpretace výsledků.
Kriticky hodnotit vědeckou literaturuvyužívající průtokovou cytometrii a posoudit vhodnost této metody pro různé biologické otázky.
Prokázat základní orientaci v praktických aspektech průtokové cytometrie, včetně přípravy vzorků, obsluhy přístroje a laboratorní bezpečnosti.
Srozumitelně komunikovat cytometrické koncepty, a to ústně i písemně, publiku s různou úrovní předchozích znalostí.
Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)
