Cytometry - MB151P80

• Title: Cytometrie
• Czech title: Cytometrie
• Guaranteed by: Department of Cell Biology (31-151)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2025
• Semester: winter
• E-Credits: 4
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:2/1, C+Ex [HT]
• Capacity: 40
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Explanation: Předmět je neslučitelný s anglickou paralelkou (letní semestr).
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: MVDr. Jozef Janda, Ph.D.
• Teacher(s): Mgr. Ondřej Honc; MVDr. Jozef Janda, Ph.D.
• Incompatibility : MB151P80E
• Is incompatible with: MB151P80E

Annotation

Předmět Cytometrie představuje studentům principy a využití průtokové cytometrie jako klíčové metody moderního biologického a biomedicínského výzkumu. Kurz se zaměřuje na základní koncepty, návrh experimentů, základní analýzu dat a interpretaci cytometrických výsledků. Vedle klasických aplikací jsou studenti seznámeni s rozmanitými a nově se rozvíjejícími oblastmi využití cytometrie prostřednictvím praktických cvičení, prezentací odborných článků a řízené reflexe. Kurz kombinuje vědeckou rigoróznost s aktivními formami výuky a připravuje studenty na kritické hodnocení a smysluplné využití cytometrie ve výzkumu i praxi.

Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (02.02.2026)

Literature

Pro začátečníky:
GIVAN, Alice. L.: Flow Cytometry: First Principles, Wiley-Liss, New York, 2001, ISBN-13: 978-0471382249, ke stažení https://media.beckman.com/-/media/pdf-assets/ebooks/flow-cytometers-ebook-flow-cytometry-first-principles.pdf 
ORMEROD, Michael. G.: Flow Cytometry - A Basic Introduction, http://flowbook.denovosoftware.com/

Pro pokročilé:
SHAPIRO, Howard. M.: Practical Flow Cytometry, 4th Edition. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2003, ISBN-13: 978-0471411253, dostupné: https://media.beckman.com/-/media/pdf-assets/ebooks/flow-cytometers-ebook-practical-flow-cytometry.pdf

Metodické učebnice a návody:
ROBINSON, J. Paul. et al.: Current Protocols in Cytometry, John Wiley & Sons, New York, 2003, ISBN-13: 978-0471142959

Cytometrie v kostce: Youtube kanál v češtině https://www.youtube.com/channel/UC04XHayL2NcUVEjzh11odzA?sub_confirmation=1

Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (23.09.2024)

Requirements to the exam

Pro udělení zápočtu / absolvování zkoušky musí student:

• Prokázat porozumění základním principům průtokové cytometrie, ověřované znalostním hodnocením (např. testy nebo kvízy).

• Aktivně se účastnit praktických a aplikačních úloh, včetně základní analýzy dat a návrhu panelu nebo experimentu.

• Zpracovat a prezentovat odborný článek využívající průtokovou cytometrii formou journal club prezentace.

• Absolvovat zkušenostní vzdělávací aktivitu, například job shadowing v laboratoři nebo pracovišti využívajícím cytometrii, a tuto zkušenost reflektovat.

• Zapojit se do integračních aktivit kurzu, včetně kreativních nebo reflexivních úloh (např. Creative Cytometry), které propojují cytometrické koncepty s širším vědeckým či praktickým kontextem.

Úspěšné absolvování kurzu vyžaduje jak osvojení znalostí, tak aktivní zapojení do uvedených aktivit.

Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (02.02.2026)

Syllabus

1. Úvod do průtokové cytometrie

2. Princip fungování cytometru; základy analýzy dat

3. Fluorescence, spektrální překryv a kompenzace; přehled aplikací cytometrie

4. Příprava vzorků pro průtokovou cytometrii; pokročilé metody cytometrie

5. Buněčné sortování; principy návrhu experimentu

6. Cytometrie v imunologii: fenotypizace a funkční analýza lymfocytů; mnohoparametrická analýza

7. Cytometrie rostlin: obsah DNA, buněčný cyklus, proliferace

8. Klinická průtoková cytometrie

9. Analýza buněčné smrti: apoptóza

10. Cytometrie v reálném životě: aplikace, možnosti uplatnění, publikace cytometrických dat

11. Cytometrie malých částic; funkční sondy

12. Cytometrie kreativně; journal club

13. Zápočtový týden; journal club prezentace

Základní struktura každé lekce: Přivítání - teorie  - design experimentu - analýza dat - možnosti uplatnění v reálném životě - shrnutí.

Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (02.02.2026)

Learning outcomes

Po úspěšném absolvování předmětu Cytometrie bude student schopen:

1. Vysvětlit základní principy průtokové cytometrie a porozumět jejím silným stránkám a omezením jako vědecké metody.

2. Navrhnout jednoduchý experiment průtokové cytometrie, včetně formulace biologické otázky a základního návrhu panelu.

3. Použít základní principy analýzy dat z průtokové cytometrie, včetně gatingových strategií a interpretace výsledků.

4. Kriticky hodnotit vědeckou literaturu využívající průtokovou cytometrii a posoudit vhodnost této metody pro různé biologické otázky.

5. Prokázat základní orientaci v praktických aspektech průtokové cytometrie, včetně přípravy vzorků, obsluhy přístroje a laboratorní bezpečnosti.

6. Srozumitelně komunikovat cytometrické koncepty, a to ústně i písemně, publiku s různou úrovní předchozích znalostí.

Last update: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)