Pravidelný pobyt na pracovišti KDHO 2.LF UK, nejméně 3 publikace v recenzovaných časopisech, z toho jedna prvoautorská.
Seznam odborné literatury
Ročně aktualizovaná shrnutí "IUIS Phenotypic Classification for Primary Immunodeficiencies" plus odborná literatura v systému PubMed.
Předběžná náplň práce
Primární imunodeficity (PID), nově nazývané "inborn errors of immunity", jsou dědičné choroby vznikajících na podkladě jedné nebo více mutací, jejichž důsledkem jsou různě závažné dysfunkce v imunitního systému. Jednotlivé složky imunitního systému (proteinové, buněčné i tkáňové) mohou být narušeny nebo kompletně chybět. S vývojem masivně paralelního sekvenování je ve skupině PID objevováno obrovské množství genomických abnormalit. Část z nich je jichž popsána a funkčně charakterizována (Bousfiha et al., The 2017 IUIS Phenotypic Classification for Primary Immunodeficiencies, J Clin Immunol 2018), vliv ostatních nově nalézaných abnormalit na fungování imunitního systému je ale stále nejasný. Ke správné interpretaci těchto nových mutací je třeba multidisciplinárního přístupu : klinického vyšetření, genetiky, proteomiky, cytometrické detekce vývojových stádií buněk imunitního systému a velké škály funkčních testů, kterými prokazujeme kauzalitu dané mutace. Dizertační práce se bude zabývat fenotypovou a funkční charakterizací buněk imunitního systému u kohort pacientů s dosud nepopsanými mutacemi ve vybraných genech, zejména STAT1, HCK a TLR8. Na primárních buňkách i na transdukovaných buněčných liniích budou testovány mutacemi ovlivněné změny imunofenotypu, diferenciace, aktivace, proliferace, intracelulární signalizace, produkce cytokinů aj. V rámci projektu bude probíhat i vývoj a optimalizace nových funkčních testů pro správnou interpretaci vlivu mutací a také ex vivo testování vhodných cílených terapeutik.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Primary immunodeficiencies (PIDs), newly called "inborn errors of immunity", are hereditary diseases arising from one or more mutations that result in varying degrees of dysfunction in the immune system. Individual components of the immune system (protein, cell, and tissue) may be impaired or completely missed. With the development of massive parallel sequencing, a large number of genomic abnormalities is being identified in the PID group. Some of these mutations are described and functionally characterized (Bousfiha et al., The 2017 IUIS Phenotypic Classification for Primary Immunodeficiencies, J Clin Immunol 2018), the effect of other newly found abnormalities is still unclear. The correct characterization of the new variants requires a multidisciplinary approach: clinical examination, genetics, proteomics, cytometric detection of the developmental stages of the immune cells, and a wide range of functional tests to prove the causality of the mutation. The project is focused on the phenotypic and functional characterization of the immune cells in the cohort of patients with novel mutations in selected genes, especially STAT1, HCK and TLR8. The changes in immunophenotype, differentiation, activation, proliferation, intracellular signaling, cytokine production, etc. will be tested on both primary cells and transduced cell lines. Within the project, a student will develop and optimize new functional assays for correct interpretation of the mutations and test suitable targeted therapeuticals ex vivo.
- zadáno vedoucím/školitelem