Hereditární spastická paraparéza: použití nových genomických metod pro diagnostiku příčin vysoce heterogenního onemocnění
| Název práce v češtině: | Hereditární spastická paraparéza: použití nových genomických metod pro diagnostiku příčin vysoce heterogenního onemocnění |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Hereditary spastic paraparesis: the use of novel genomic methods to diagnose the causes of a highly heterogeneous disease |
| Klíčová slova: | hereditární spastická paraparéza, sekvenování nové generace, SNV, CNV, exomové sekvenování, genomové sekvenování, sekvenování metodou dlouhého čtení |
| Klíčová slova anglicky: | hereditary spastic paraparesis, next generation sequencing, SNV, CNV, exom sequencing, genom sequencing, long-read sequencing |
| Akademický rok vypsání: | 2023/2024 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Klinika dětské neurologie (13-441) |
| Vedoucí / školitel: | doc. MUDr. Dana Šafka Brožková, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 02.10.2023 |
| Datum zadání: | 02.10.2023 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 27.11.2023 |
| Konzultanti: | RNDr. Anna Uhrová Mészárosová |
| Seznam odborné literatury |
| Blackstone C. Hereditary spastic paraplegia. Handb Clin Neurol 2018; 148: 633-652
Erfanian Omidvar M, Torkamandi S, Rezaei S, et al. Genotype-phenotype associations in hereditary spastic paraplegia: a systematic review and meta-analysis on 13,570 patients. J Neurol 2021; 268: 2065-2082 Fink, John K. Hereditary spastic paraplegia. Current neurology and neuroscience reports, 2006, 6.1: 65-76. Panza E, Meyyazhagan A and Orlacchio A. Hereditary spastic paraplegia: Genetic heterogeneity and common pathways. Exp Neurol 2022; 357: 114203 |
| Předběžná náplň práce |
| Aplikovat nejnovější genomické metody u vybraných, dosud neobjasněných pacientů s HSP se zřejmou dědičnou zátěží:
a) detekovat patogenní varianty v genech dosud nespojovaných s HSP nebo s žádným onemocněním – exomové sekvenování, b) detekovat patogenní varianty v těžko interpretovatelných oblastech (promotory, regulační oblasti, kryptická splice site místa v intronech) známých HSP genů – genomové sekvenování c) detekovat CNV (velké delece, duplikace nebo amplifikace v genech), d) detekovat velké přestavby nebo nukleotidové expanze – sekvenování metodou dlouhého čtení. Stanovit, kolik procent pacientů s HSP je možné objasnit pomocí nových genomických metod; jaké je procentuální zastoupení jednotlivých typů hereditární spastické paraparézy v České republice. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| To apply the latest genomic methods to selected, as yet unresolved HSP patients with an apparent hereditary burden:
a) to detect pathogenic variants in genes not yet associated with HSP or no disease – exome sequencing, b) to detect pathogenic variants in hard-to-interpret regions (promoters, regulatory regions, cryptic splice site sites in introns) of known HSP genes – genome sequencing c) to detect CNVs (large deletions, duplications or amplifications in genes), d) to detect large rearrangements or nucleotide expansions – long-read sequencing To estimate what percentage of patients with HSP can be elucidated using new genomic methods; what is the percentage of different types of hereditary spastic paraparesis in the Czech Republic. |