Stochastická dynamika bublin v DNA (bakalářská verze práce)
| Název práce v češtině: | Stochastická dynamika bublin v DNA (bakalářská verze práce) |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Stochastic dynamics of DNA bubbles |
| Akademický rok vypsání: | 2009/2010 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | |
| Ústav: | Katedra fyziky kondenzovaných látek (32-KFKL) |
| Vedoucí / školitel: | doc. RNDr. Tomáš Novotný, Ph.D. |
| Řešitel: |
| Zásady pro vypracování |
| 1. rámcové porozumění fyzice konformační dynamiky DNA [1,2]
2. osvojení si základních principů stochastických metod [3-5] 3. modelování dynamiky DNA bubliny; spočtení pravděpodobnostní hustoty místa zániku bubliny se započtením efektů: - konečné délky - interakce (tj. entropického koeficientu) |
| Seznam odborné literatury |
| 1. D. Poland and H. A. Scheraga, Theory of Helix-Coil Transitions in Biopolymers (Academic, New York, 1970)
2. R. Metzler, T. Ambjörnsson, A. Hanke, Y. Zhang, and S. Levene, J.Comput. Theor. Nanosci. 4, 1 (2007); http://arxiv.org/abs/physics/0609139v2 3. H. Risken: The Fokker-Planck Equation (Springer, Berlin, 2. vydání, 1989) 4. N. G. Van Kampen: Stochastic Processes in Physics and Chemistry (North Holland, Amsterdam, 2. vydání, 1992) 5. C. W. Gardiner: Handbook of Stochastic Methods for Physics, Chemistry and the Natural Sciences (Springer, Berlin, 3. vydání, 1994) 6. G. Altan-Bonnet, A. Libchaber, and O. Krichevsky, Phys. Rev. Lett. 90, 138101 (2003) 7. T. Novotný, J. N. Pedersen, M. S. Hansen, T. Ambjörnsson, and R. Metzler, Europhys. Lett. 77, 48001 (2007); J. Chem. Phys. 130, 164117 (2009) |
| Předběžná náplň práce |
| Konformační dynamika DNA [1,2] je zajímavá kromě čistě fyzikálních důvodů mechaniky polymerů [1] rovněž svou potenciální důležitostí ve fyziologických procesech [2], a je tudíž intenzivně v poslední době studována jak experimentálně [6], tak i teoreticky [7]. Cílem této práce je uvedení studenta do tohoto moderního tématu a provedení mírného rozšíření studie [7] na výpočet pravděpodobnostního rozdělení místa zániku bubliny (koalescence). Práce bude vypracována v součinnosti s Prof. Ralfem Metzlerem z TU Mnichov.
Podrobnosti u T. Novotného (KFKL, Ke Karlovu 5, místnost F061, e-mail: tno@karlov.mff.cuni.cz). |