Yubuki N, Leander BS. Evolution of microtubule organizing centers across the tree of eukaryotes. Plant J. 2013 Jul;75(2):230-44. doi: 10.1111/tpj.12145. Epub 2013 Mar 22. PMID: 23398214. Simpson AG. Cytoskeletal organization, phylogenetic affinities and systematics in the contentious taxon Excavata (Eukaryota). Int J Syst Evol Microbiol. 2003 Nov;53(Pt 6):1759-77. doi: 10.1099/ijs.0.02578-0. PMID: 14657103.
Předběžná náplň práce
O proteinovém složení neaktinového a netubulinového cytoskeletu prvoků, tedy různých druhů intermediánních a žíhaných fibril, se toho ví velmi málo. Přitom by tato znalost mohla umožnit homologizovat některé morfologické struktury napříč vzdálenými skupinami a odpovědět například na otázku, jak vypadal předek eukaryot (LECA). Studium cytoskeletu exkavátních exkavát (např. rod Paratrimastix), který má zřejmě blízko původnímu stavu u LECA, se zdá být pro tento účel ideální. Pomocí specifické protilátky a expanzní fluorescenční mikroskopie se nám podařilo prokázat přítomnost proteinů z rodiny SF-assemblinů v několika cytoskeletárních kořenech Paratrimastix pyriformis. Cílem práce bude připravit protilátky a jejich pomocí lokalizovat v buňkách další vytipované proteiny. V ideálním případě připravit nabohacenou cytoskeletální frakci a rozluštit proteinové složení exkavátního cytoskeletu pomocí proteomických metod.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Very little is known about the protein composition of the non-actin and non-tubulin cytoskeleton of protists, i.e. the different types of intermediate and striated fibrils. Yet, this knowledge could allow to find homology of some morphological structures across distant groups and answer, for example, the question of what the ancestor of eukaryotes (LECA) looked like. The study of the cytoskeleton of excavated excavates (e.g., the genus Paratrimastix), which appears to be close to the original state of LECA, seems ideal for this purpose. Using a specific antibody and expansion fluorescence microscopy, we were able to demonstrate the presence of SF-assemblin family proteins in several cytoskeletal roots of Paratrimastix pyriformis. The aim of this work will be to prepare antibodies and use them to localize other identified proteins in the cells. Ideally, prepare an enriched cytoskeletal fraction and decipher the protein composition of the excavated cytoskeleton using proteomic methods.
