Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod
Název práce v češtině: | Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod |
---|---|
Název v anglickém jazyce: | Population genomic analysis of adaptation in wild Arabidopsis |
Akademický rok vypsání: | 2021/2022 |
Typ práce: | bakalářská práce |
Jazyk práce: | čeština |
Ústav: | Katedra botaniky (31-120) |
Vedoucí / školitel: | RNDr. Filip Kolář, Ph.D. |
Řešitel: |
Předběžná náplň práce |
Adaptace je jedním ze základních procesů, kterým se organizmy přizpůsobují rychle se měnícímu prostředí. Rychlýpokrok v nových sekvenačních metodáchotevřel zcela nové směry výzkumu genetické podstaty adaptace, který má široké uplatnění v ochraně přírody nebo šlechtění nových plodin. Rostliny jsou obzvláště vhodnými modely, protože výsledky z přírodních populacíje možné dáletestovat pomocí cílených kultivačních exeprimenrtů. Cílem práce bude shrnout metody a poznatky umožňující odhalit genetickou podstatu adaptace klíčového rostlinného modelu Arabidopsis k výzvám prostředí. Arabidopsis arenosa, běžný obyvatel evropských skal a stepí, je obzvláště vhodný s ohledem na vysokou genetickou, ekologickou i morfologickou diverzitu i blízkost ke geneticky dobře prozkoumanému A. thaliana. Naše výzkumná skupina (https://botany.natur.cuni.cz/ecolgen/) shromáždila bezprecedentní dataset ~1000 sekvencí genomů z přírodních populací Arabidopsis a několik desítek genome assemblies, které mohou využity k případné navazující magisterské práci. Během řešení práce získá uchazeč zkušenosti s různými typy state-of-the art analýzou genetické variabilitynapříč celým genomem, novými populačně genomickými a statistickými přístupy. Tyto zkušenosti budou využitelné nejen pro základní výzkumPopulačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod, ale např. i v biotechnologických nebo medicínských aplikacích. |