Studium využití uracil-DNA glykosylasy s cílem zamezit kontaminací testovaných vzorků produkty předchozích DNA amplifikačních reakcí
| Název práce v češtině: | Studium využití uracil-DNA glykosylasy s cílem zamezit kontaminací testovaných vzorků produkty předchozích DNA amplifikačních reakcí |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | The utilization of the uracil-DNA glycosylase in the elimination of carry-over contamination by products of the previous DNA amplifications |
| Klíčová slova: | polymerázová řetězová reakce (PCR), izotermická amplifikace DNA pomocí smyček (LAMP), amplifikace DNA, uracil-DNA glykosylasa, kontaminace vzorků |
| Klíčová slova anglicky: | polymerase chain reaction (PCR), isothermal loop mediated DNA amplification (LAMP), DNA amplification, uracil-DNA glycosylase, carry-over contamination |
| Akademický rok vypsání: | 2020/2021 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra biochemie (31-250) |
| Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Markéta Martínková, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
| Datum přihlášení: | 13.11.2020 |
| Datum zadání: | 16.11.2020 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 16.06.2021 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 28.07.2021 |
| Oponenti: | RNDr. Mgr. Veronika Prošková, Ph.D. |
| Konzultanti: | Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| Doporučené povinně-volitelné předměty MC250P07B Internet a bioinformatika nebo MC200P02 Základy metod charakterizace chemických látek Doporučené volitelné předměty MC250P21 Moderní metody výzkumu proteinů MC250P30 Bioinformatika |
| Seznam odborné literatury |
| Notomi, T., Okayama, H., Masubuchi, H., Yonekawa, T., Watanabe, K., Amino, N., and Hase, T. (2000) Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 28, E63 Mori, Y., Nagamine, K., Tomita, N., and Notomi, T. (2001) Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 289, 150–154 Tomita, N., Mori, Y., Kanda, H., and Notomi, T. (2008) Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products. Nat Protoc. 3, 877–882 Hsieh K., Mage P. L., Csordas A. T., Eisensteinc M., and Soh H. T. (2014) Simultaneous elimination of carryover contamination and detection of DNA with uracil-DNA-glycosylase-supplemented loopmediated isothermal amplification (UDG-LAMP) Chem Commun. 50, 3747-9. |
| Předběžná náplň práce |
| Součástí bakalářské práce bude vyhledání dosavadních poznatků o možnostech amplifikace daného úseku DNA v odborné literatuře se zaměřením na rizika kontaminace testovaných vzorků produkty předchozích DNA amplifikačních reakcí. Budou porovnány různé molekulárně biologické přístupy tj. polymerázová řetězová reakce (z angl. polymerase chain reaction, PCR) a izotermální amplifikace pomocí smyček (z angl. isothermal loop mediated amplification, LAMP) hlavně z pohledu rizika výše zmíněných kontaminací. Zaměříme se na využití enzymu uracil-DNA-glycosylasy při rutině prováděných amplifikačních testech. |