Příprava a základní charakterizace eukaryotického iniciačního faktoru 2α a jeho hemem regulované kinasy

• Název práce v češtině: Příprava a základní charakterizace eukaryotického iniciačního faktoru 2α a jeho hemem regulované kinasy
• Název v anglickém jazyce: Preparation and preliminary characterization of the eukaryotic initiation factor 2α and its heme regulated kinase
• Klíčová slova: hem, senzorové proteiny, eukaryotický iniciační faktor 2α, kinasa eukaryotického iniciačního faktoru 2α
• Klíčová slova anglicky: heme, sensor proteins, eukaryotic initiation factor 2α, eukaryotic initiation factor 2α kinase
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Markéta Martínková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 14.11.2020
• Datum zadání: 16.11.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 17.06.2021
• Datum proběhlé obhajoby: 08.07.2021
• Oponenti: Mgr. Martin Stráňava, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Doporučené volitelné předměty
MC250P21 Moderní metody výzkumu proteinů
MC250P30 Bioinformatika

Seznam odborné literatury

Shimizu T., Huang D., Yan F., Stranava M., Bartosova M., Fojtíková V., Martínková M.: Gaseous O2, NO, and CO in Signal Transduction: Structure and Function Relationships of Heme-Based Gas Sensors and Heme-Redox Sensors, Chem. Rev. 2015, 115, 6491−6533.
Shimizu T., Lengalova A., Martínek V., Martínková M.:Heme: Emergent roles of heme in signal transduction, functional regulation and as catalytic centres, Chem. Soc. Rev. 2019, 48, 5624 - 5657.
Miksanova M., Igarashi J., Minami M., Sagami I., Yamauchi S., Kurokawa H, Shimizu T.: Characterization of Heme-regulated eIF2a Kinase: Roles of the N-terminal Domain in the Oligomeric State, Heme Binding, Catalysis, and Inhibition, Biochemistry, 2006, 45, 9894-905.
Hirai K., Martinkova M., Igarashi J., Saiful I., Yamauchi S., El-Mashtoly S., Kitagawa T., Shimizu T.: Identification of Cys385 in the isolated kinase insertion domain of heme-regulated eIF2alpha kinase (HRI) as the heme axial ligand by site-directed mutagenesis and spectral characterization, J Inorg Biochem., 2007, 101, 1172-9.
Martinkova M., Igarashi J., Shimizu T.: Eukaryotic initiation factor 2α kinase is a nitric oxide-responsive mercury sensor enzyme: Potent inhibition of catalysis by the mercury cation and reversal by nitric oxide, FEBS Letters, 2007, 581, 4109-4114.

Předběžná náplň práce

Součástí bakalářské práce bude vyhledání dosavadních poznatků o hemoproteinech, v nichž hem slouží jako signál (hemové senzorové proteiny) v odborné literatuře. Heterologní expresí bude navíc připraven modelový senzorový protein a případně jeho substrát. Dále budou studovány vlastnosti tohoto modelového proteinu se zaměřením na jeho strukturně funkční charakteristiku.