mRNA transcript isoforms in mammalian cell cycle progression.

• Název práce v češtině: Transkripční varianty mRNA v průběhu buněčného cyklu u savců.
• Název v anglickém jazyce: mRNA transcript isoforms in mammalian cell cycle progression.
• Klíčová slova: buněčný cyklus; transkripční varianta; mRNA; regulace translace; iniciace translace
• Klíčová slova anglicky: cell cycle; transcript isoforms; mRNA; translational control; translation initiation
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 07.10.2020
• Datum zadání: 07.10.2020
• Konzultanti: RNDr. Martin Pospíšek, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Eukaryotické geny generují mnohočetné izoformy svých transkriptů jakožto následek alternativní transkripce, sestřihu a polyadenylace. Vztah mezi rozmanitostí lidských transkriptů a produkcí příslušných proteinů je složitější, protože každá izoforma vykazuje odlišnou translatabilitu. Eukaryotický buněčný cyklus je řízen přesně načasovanou syntézou mRNA a aktivací nebo degradací proteinů. Tento doktorský projekt se zaměřuje na roli různých transkripčních izoforem při průchodu buněčným cyklem u savců.
Projekt se skládá z následujících úkolů: i) identifikace odlišných izoforem transkriptů, které se přednostně překládají v různých fázích buněčného cyklu; ii) proteomická analýza translačního iniciačního komplexu včetně jeho posttranslačních modifikací metodou LC-MS/MS v různých fázích buněčného cyklu; iii) zkoumání buněčné role proteinu eIF4E3, který je nekanonickým členem rodiny proteinů eIF4E vázajících se na čepičku; a iiii) validace výsledků hybridizací in situ a/nebo experimenty stanovujícími buněčnou lokalizaci proteinu za účelem testování specificity vybraných izoforem, které mají být translatovány v určité fázi buněčného cyklu.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Eukaryotic genes generate multiple RNA transcript isoforms as a consequence of alternative transcription, splicing, and polyadenylation. The relationship between human transcript diversity and protein production is more complex because each isoform has different translatability. Eukaryotic cell cycle is tightly controlled by the precisely timed mRNA synthesis and the activation or the degradation of proteins. The Ph.D. project focuses on the role of different transcript isoforms in the mammalian cell cycle progression.
The project consists of the following tasks: i) determination of distinct transcript isoforms that are preferentially translated in different phases of the cell cycle; ii) proteomic analysis of translation initiation complex including its post-translational modifications by LC-MS/MS approach in different cell cycle phases; iii) investigation of the cellular role of eIF4E3 protein, which is the non-canonical member of the cap-binding eIF4E protein family; and iiii) validation of results by in situ hybridization and/or protein localization experiments in order to test specificity of selected isoforms to be translated in certain cell cycle phase.