Nové mechanismy genové regulace pomocí (super)enhancerů a 3D organizace genomu v krvetvorné diferenciaci
| Název práce v češtině: | Nové mechanismy genové regulace pomocí (super)enhancerů a 3D organizace genomu v krvetvorné diferenciaci |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Novel mechanisms of gene regulation via (super)enhancers and spatial chromatin organization during blood lineage differentiation |
| Klíčová slova: | Regulace genové exprese; enhancer; transkripční faktor; chromatin; diferenciace; leukémie |
| Klíčová slova anglicky: | Gene regulation; Enhancer; Superenhancer; Chromatin; Transcription factor, Differentiation; Leukemia |
| Akademický rok vypsání: | 2020/2021 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | |
| Ústav: | Ústav patologické fyziologie 1. LF UK (11-00180) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Vít Pospíšil, Ph.D. |
| Řešitel: |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| Superenhancery jsou nově objevené klastry mnohočetných genově regulačních oblastí (enhancerů), které hrají zásadní úlohu v aktivaci tkáňově specifických genů, určení buněčné identity a indukci diferenciace. Superenhancery zprostředkují 3D interakci genomu nezbytnou pro správnou aktivaci genů a narušení této interakce hraje klíčovou úlohu v karcinogenezi. Složení aktivního enhanceru vede k prostorové interakci jednotlivých aktivačních složek (enhancerů) a cílového genu (alt. koregulovaných genů) a vytvoření lokální jaderné struktury, v níž jsou nebohaceny transkripční faktory, kofaktory komplex mediatoru a RNA Pol, zprostředkující transkripci genu. Aditivní kooperační funkce nebo naopak redundance jednotlivých aktivačních komponent - enhancerů není dobře popsána. Cílem projektu je identifikovat mechanismy regulace genové exprese zprostředkované kooperací vícečetných regulačních sekvencí - superenhancerů a jimi zprostředkované 3D organizace chromatinu během krvetvorné diferenciace a leukemogeneze. Projekt je založen na hluboké analýze regulačních sekvencí, in vitro rekonstituci, mutování a funkčním testování jednotlivých složek superenhancerů a analýze 3D struktury DNA a dále na analýze a manipulaci afinity PU.1 vazebných míst, za využití PU.1 transgeních buněčných linií a myší. Metody:Buněčné kultury, diferenciační eseje, molekulární klonování, genové manipulace, reporterové eseje, transfekce, chromatinová imunoprecipitace, 3C, Hi-C, RT-qPCR, FACS, WB, si/shRNA, mikroRNA, lncRNA, ereje, sekvenace (RNA, small RNA, ChIPseq), mikroskopie, xenotransplantace lymfomů. Financování:PhD student obdrží k stipendium úvazek ze zdrojů školitele a instituce. Oborové rady DSPB:možnost výběru OR 3 a 5. Termíny:PhD registrace do 31. 4. 2020. Informace:Mgr. Vítek Pospíšil PhD, Ústav patologické fyziologie, U nemocnice 5, Praha 2 vitek_pos@hotmail.com, tel. 732 953372 http://patofyziologie.lf1.cuni.cz/, http://patofyziologie.lf1.cuni.cz/microrna-and-transcription-factors, http://stopka-lab.lf1.cuni.cz/ |