Mrtvé dřevo představuje kvantitativně významný zásobník organické hmoty v přirozených lesích a zároveň specifický substrát, bohatý na organické živiny, jejichž dostupnost je však omezena nízkým obsahem dusíku a fyzikálními vlastnostmi dřeva. V mrtvém dřevě se proto vyvíjí specifické společenstvo mikroorganismů, v němž dominují houby. Poslední výsledky však prokazují, že mezi významné rozkladače organické hmoty včetně například celulózy, patří i bakterie. Jejich výskyt a význam na tlejícím dřevě však dosud nebyl předmětem systematického studia. Cílem práce je popsat složení společenstva bakterií ve vybraných přirozených lesích, analyzovat enzymové aktivity a genetické determinanty rozkladu. U tlejících kmenů v různých fázích rozkladu bude popsáno chemické složení, rychlost rozkladu, aktivita extracelulárních enzymů a exprese genů bakterií a tyto hodnoty budou použity pro popis struktury a funkce jejich společenstva. Navíc bude ze vzorků tlejícího dřeva získána sbírka bakteriálních isolátů pro pozdější podrobný výzkum ekofyziologických vlastností a pro sekvenaci genomů. Sekvence genomů kvantitativně významných druhů bude sloužit jako podklad pro anotaci sekvencí genů, exprimovaných přímo v tlejícím dřevě (metatranskriptomu). Výsledky by měly umožnit podrobný popis faktorů, které ovlivňují složení společenstev bakterií a zároveň popsat jejich funkční potenciál a podíl na transformaci organické hmoty ve dřevě.
- zadáno vedoucím/školitelem