Detekce a identifikace rizikových a vysoce rizikových biologických agens je jednou z priorit výzkumných činností specializovaných pracovišť AČR. Toxiny bakterie Staphylococcus aureus, které jsou předmětem navrhované diplomové práce, jsou uvedeny na seznamu vysoce rizikových agens v příslušných vyhláškách zákona č. 281/2002 o některých opatřeních souvisejících se zákazem bakteriologických (biologických) a toxinových zbraní a o změně živnostenského zákona. Cílem diplomové práce je porovnat vybrané kmeny S. aureus z hlediska produkce jednotlivých toxinů, základní charakterizace těchto kmenů proteomickými technikami (1D gelová elektroforéza, extrakční metody, kultivační postupy, aj.) a návrh metody tzv. cílené proteomické analýzy (SRM, Selected Reaction Monitoring), umožňující kvantifikaci vybraných toxinů (nanoHPLC/ESI/QTRAP hmotnostní spektrometr). Student se v rámci diplomové práce seznámí s metodami kultivace bakterií v roztoku i na pevných půdách, metodami extrakce proteinové frakce, možnostmi jejich přečištění a separace. Následovat budou postupy enzymatického štěpení proteinových směsí a/nebo štěpení tzv. in gel. Finální peptidový vzorek bude analyzovat pomocí hmotnostní spektrometrie a v rámci vyhodnocení dat s seznámí i se základy bioinformatiky.
- zadáno vedoucím/školitelem