Bichiři patří mezi nejbazálnější linie paprskoploutvých ryb a v naší laboratoři, kde se zabýváme evolucí genomu bazálních obratlovců, zůstavají jednou z posledních neprozkoumaných linií. Ačkoliv jsou bichiři velmi exotickou skupinou, lze živé ryby koupit u specializovaných akvaristů a použít k přípravě buněčných kultur, chromozomových preparátů, pulsnímu značení dělících se buněk atd. Cílem této práce je vypracovat celkový obraz karyotypu bichirů - tj. identifikace 5S a 45S rDNA, AgNORů (tj. transkripčně aktivní 45S rDNA), AT vs. CG bohatých úseků pomocí kombinovaného fluorescenčního značení DAPI/Chromomycin A3, akumulace heterochromatinu pomocí C-bandingu, identifikace časně- a pozdně-replikovaných úseků DNA pomocí BrdU pulsního značení. Tyto výsledky budou vyhodnoceny v kontextu našich dosavadních studií na kostlínech, jeseterech, veslonosovi, kaprounovi a četných skupin kostnatých ryb (lososovití, sekavcovití, štiky).
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Bichirs belong to the most basal actinopterygian lineages. In our lab, we work on genome evolution of the basal vertebrates and bichirs remain the least explored group so far. Although they are a very exotic group, it is possible to buy them living in specialized aquaristic shops and use for cell cultures, chromosome preparations, pulse labeling of dividing cells etc. The goal of this work will be to characterize karyotypes of bichirs. Namely, identification of the 5S and 45S rDNA sites, AgNOR (transcribed 45S rDNA sites), At vs. CG rich regions by means of the combined fluorescence staining DAPI/Chromomycin A3, heterochromatin accummulations by C-banding, identification of early- and late-replicated DNA by means of BrdU incorporation. These results will be evaluated and interpreted in the context of the so far obtained results on gars, sturgeons, paddlefish, bowfin and numerous groups of teleost fishes (salmonids, cobitids, pikes).
