Mycobiota of the Movile Cave - a model for a study of the evolution and microaerophilia
| Název práce v češtině: | Mykobiota jeskyně Movile – model pro studium evolučních změn a mikroaerofilie |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Mycobiota of the Movile Cave - a model for a study of the evolution and microaerophilia |
| Klíčová slova: | Mykobiota jeskyně Movile – model pro studium evolučních změn a mikroaerofilie |
| Klíčová slova anglicky: | Trichoderma, Movile cave, diversity, molecular clocks, biotechnology, biofuels |
| Akademický rok vypsání: | 2013/2014 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra botaniky (31-120) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Miroslav Kolařík, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
| Datum přihlášení: | 25.10.2013 |
| Datum zadání: | 15.11.2013 |
| Konzultanti: | RNDr. Alena Nováková, CSc. |
| Předběžná náplň práce |
| Rumunská jeskyně Movile byla před svým objevením v r. 1986 zcela izolována od okolního prostředí po dobu 5,5 milionu let. V současné době je přístup velmi omeze a probíhá za přísně sterilních podmínek. Po tuto dobu nedocházelo k výměně živin ani atmosféry a v jeskyně se vyvinulo velké množství endemických organismů (31 z 46 druhů živočichů je endemických). Rozmanitá geomorfologie jeskyně umožnila vznik řady unikátních habitatů. Téměř celá jeskyně je zaplavena termální vodou bohatou na sulfidy, amoniak a metan. Nezatopeny zůstávají některé chodby a další izolované prostory (airbells, vzduchové kesony). Naprostá izolace kesonů vedla ke vzniku chemolitotrofních společenstev žijících v atmosféře s nízkým obsahem kyslíku, a velkým (až 20%) obsahem CO2, H2S a metanu.
Během studia mikroorganismů těchto prostor bylo získáno na 250 kmenů hub z kesonů (z mikrobiálního povlaku na hladině a ze stěn), chodeb a z venkovních prostor. Během dlouhé doby izolace a nutnosti postupné adaptace na mikroaerofilní podmínky by se zde mělo vyvinout unikátní společenstvo hub. Tato dlouhá izolace by se měla projevit i v selekčně neutrálních úsecích DNA fixací unikátních změn, nenalézaných v okolním prostředí. Proto se jedná o dobrý model studia molekulárních hodin. Dalším fenoménem je přítomnost hub schopných žít při malých koncentracích kyslíku. Předběžné výsledky ukázaly velkou četnost hub rodu Trichoderma, které jsou známy celulolytickými vlastnostimi. Právě mikroaerofilní celulolitciké houby jsou středem zájmů biotechnologie biopaliv. Cíle. 1. Zjistit diverzitu hub a porovnat společenstva jednotlivých částí. Tato část zahrnuje získání sekvencí ITS rDNA a dalších úseků DNA. 2. Charakterizovat variabilní DNA úseky (dlouhé introny TUB2, TEF1a) a porovnat je s izoláty z GenBAnk a okolí. Cílem je zjisti, zda došlo k odlišení podzemních kmenů a zda jde použít tyto data pro kalibraci molekulárních hodin. 3. Vytipovat mikroaerofilní celulolitické houby pro další studium. U těchto hub bude testována tolerance k velkým koncentracím CO2. |