Gen pro β-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro β-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro β-tubulin a předkládá novéprimery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejímzákladě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie molekulární diverzity izolátů z klinického materiálu (n=200) jeunikátní jednak geograficky (nejsou podobné práce z Evropy), ale také svým zaměřením nejen na invazivníaspergilózu.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
A β-tubulin gene (benA) is widely used in taxonomy and identification of Aspergillus spp. and other Fungi.Across Aspergillus spp. there is either one (benA) or two β-tubulin paralogs (benA and tubC). The risk ofcontemporary use of sequences of paralogous genes with non-homologous function in the same phylogeneticanalysis is well known. It is evident that it had happened repeatedly in Aspergillus section Nigri. It is alarmingthat conventional primers for amplification of partial benA sequence can specifically amplify tubC paralog insome species. In this work, both paralogs were characterised in a set of species. The β-tubulin primers in usewere revised and new, more benA specific primers were designed. Applicability of some markers such as basecomposition, codon usage and length of introns for distinguishing β-tubulin paralogs benA and tubC is tested. Alarge study on molecular diversity of 349 isolates of Aspergillus (PCR-fingerprint, sequence data - ITS, benA,rpb2, caM) originating from Czech culture collections and from clinical material is also included. 82 specieswere identified, togetherwith nine tentative new taxa belonging to sections with high economic impact - Nigri,Fumigati or Aspergillus (Eurotium spp.). Five species from Section Aspergillus could be synonymised withexisting taxa. A study on molecular diversity of clinical isolates (n=200) is innovative in sense of thegeographical origin, Central Europe, where is remarkable lack of similar reports. It also brings support forpresence of several rare, little known or new species recognized as mycotic agents. This is the firstcomprehensive study providing reliable identification of such large set of aspergilli from both superficial anddeep infections.
- zadáno vedoucím/školitelem