Extrakce informací z lékařských textů

• Název práce v češtině: Extrakce informací z lékařských textů
• Název v anglickém jazyce: Extracting Information from Medical Texts
• Klíčová slova: Lékařské zprávy, zpracování přirozeného textu, extrakce informací, elektronický zdravotní záznam.
• Klíčová slova anglicky: Clinical reports, natural language processing, information extraction, electronic health record.
• Akademický rok vypsání: 2008/2009
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: externí pracoviště (11-00099)
• Vedoucí / školitel: prof. Ing. Vojtěch Svátek, Dr.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 12.09.2008
• Datum zadání: 08.08.2014
• Datum potvrzení stud. oddělením: 08.08.2014
• Datum a čas obhajoby: 26.09.2017 10:00
• Místo konání obhajoby: III. interní klinika 1 LF UK a VFN, U nemocnice 1, Praha 2
• Datum odevzdání elektronické podoby: 01.07.2017
• Datum proběhlé obhajoby: 26.09.2017
• Oponenti: doc. Ing. Arnošt Veselý, CSc.

Zásady pro vypracování

Prozkoumat pomocí analýzy literatury i reálných experimentů možnost analýzy textových lékařských zpráv směřující k naplňování elektronického záznamu o nemocném
Navrhnout, implementovat a experimentálně ověřit softwarový systém, podporující proces takové analýzy.

Seznam odborné literatury

Semecký J, Zvárová J (vedoucí diplomové práce). Diplomová práce: Multimediální elektronický záznam o nemocném v kardiologii. Praha: Matematicko-fyzikální fakulta Univerzity Karlovy; 2001.
Smatana P, Paralič J (vedoucí diplomové práce). Diplomová práce: Spracovanie lekárskych správ pre účely analýzy a dolovania v textoch. Košice: Technická univerzita v Košiciach; 2005.
Přečková P, Zvárová J (školitel). Disertační práce: Jazyk lékařských zpráv a jeho informačně lexikální analýza. Praha: 1. lékařská fakulta Univerzity Karlovy; 2011.
Cheng TO. Medical Abbreviations.. J R Soc Med. 2004;97(11)
Van Ginneken AM. The physician´s flexible narrative. Methods Inf Med. 1996;35(2)
Van Ginneken AM. Considerations for the representation of meta-data for the support of structured data entry. Methods Inf Med. 2003;42
Van Ginneken AM., Stam H, Van Mulligen EM, de Wilde M, Van Mastrigt R, Van Bemmel JH. ORCA: the versatile CPR. Methods Inf Med. 1999;38
Nagy M, Říha A (školitel). Disertační práce: Harmonizace klinického obsahu elektronického zdravotního záznamu. Praha: Univerzita Karlova v Praze; 2011.
Shapiro JS, Bakken S, Hyun S, Melton GB, Schlegel C, Johnson SB. Document Ontology: Supporting Narrative Document in Electronic Health Records. AMIA Annu Symp Proc. 2005;
Bleeker SE, Derksen-Lubsen G, Van Ginneken AM, Van der Lei J, Molla HA. Structured Data Entry for Narrative Data in a Borad Speciality: Patient History and Physical Examination in Pediatrics. BMC Med Inform Decis Mak. 2006;
Knaup P, Garde S, Haux R. Systematic planning of patient records for cooperative care and multicenter research. Int J Med Inf. 2007;76
Deleger L, Grouin C, Zweigenbaum P. Extracting medical information from narrative patient records - the case of medication/related information. J Am Med Inform Assoc. 2010;17
Garcia-Remesal M, Maojo V, Billhardt H, Crespo J. Integration of Relational and Textual Biomedical Sources. Methods Inf Med. 2009;48(1)
Blaschke C, Hirschman L, Valencia A. Information extraction in molecular biology. Brifings in Bioinformatics. 2010;2(1)
Johnson SB, Bakken S, Dine D, Hyun S, Mendonce E, Morrison F et al. An electronic health record based on structure narrative. J Am Med Inform Assoc. 2008;15(1)
Hui Y. Automatic extraction of medication information from medical discharge summaries. J Am Med Inform Assoc. 2010;17
Meystre S, Haug PJ. Natural language processing to extract medical problems from electronic clinical documents. Performance evaluation.. J Biomed Inform. 2006;39
Oemig F, Blobel B. Natural Language Processing Supporting Interoperability in Healthcare. Text Mining. 2014;
Lopprich K, Krauss F, Ganzinger M, Senghas K, Riezler S, Knaup P. Automated classification of selected data elements from free/text diagnostic reports in clinical research. Methods Inf Med. 2016;55
Meystre SM, Savova GK, Kipper-Schuler KC, Hurdle JF. Extracting Information from Textual Documents in the Electronic Health Record: A Review of Recent Research. IMIA Yearbook of Medical Informatics. 2008;
Friedman C, Shagina I, Lussier I, Hripscak G. Automated encoding of clinical documents based on natural language processing in the clinical environment. J Am Med Inform Assoc. 2004;
Friedman C. System and method for language extraction and encoding utilizing the parsing of text data in accordance with domain parameters. United States Patent no. 6,182,029 B1. USA. 2001
Riskin D, Shroff A. Systems and methods for processing patient data history. United States Patent no. 2014/0181128 A1. USA. 2014
Safran C, Bloomrosen M, Hammond W, Labkoff S, Markel-Fox S, Tang P et al. Toward a National framework for the Secondary Use of Health Data: An American Medical Informatics Association White Paper. J Am Med Inform Assoc. 2007;14(1)
Schreier G, Ammenwerth , Hörbst A, Hayn D. eHealth2016 - Health Informatics Meets eHealth. IOS Press Ebook. 2016
Dostál O, Šárek M. Support for Electronic Health Records in Czech Law. Eur J Biomed Inform. 2012;8(2)
Blobel B, Giacomini M. Interoperability is more than just technology. Eur J Biomed Inform. 2016;12(1)
Žďárek R. Vedení zdravotnické dokumentace a její náležitosti. Zdravotnické noviny. 2009
Zákon o péči o zdraví lidu. In: Sbírka zákonů. Ministerstvo spravedlnosti ČSSR; 1966. p. 74-91.
Novela zákona o péči o zdraví lidu. In: Sbírka zákonů. Tiskárna Ministerstva vnitra, p.o.; 2001. p. 6344-6346.
Vyhláška o zdravotnické dokumentaci. In: Sbírka zákonů. Tiskárna Ministerstva vnitra, p.o.; 2006. p. 5282-5284.
Zákon o zdravotních službách a podmínkách jejich poskytování. In: Sbírka zákonů. Tiskárna Ministerstva vnitra, p.o.; 2011. p. 4730-4801.
Hammond K., Helbig S., Benson C., Brathwaite-Sketoe B.. Are Electronic Medical Records Trustworthy? Observations on Copying, Pasting and Duplication.. AMIA Annual Symposium Proceedings. 2003;
HL7 Standards - Primary Standards, available from http://www.hl7.org/implement/standards/product_section.cfm?section=1 (cited 19.5.2017)
The DICOM Standard, available from http://dicom.nema.org/standard.html (cited 19.5.2017)
Health Level SevenHL7 version 3 - Reference Information Model. International Organization for Standardization; 2014.
Who is IHE?, available from http://www.ihe.net/FAQ/#Who_is_IHE? (cited 19.5.2017)
Datový standard MZ ČR, available from http://ciselniky.dasta.mzcr.cz/ (cited 19.5.2017)
Unified Medical Language System (UMLS), available from https://www.nlm.nih.gov/research/umls/ (cited 20.5.2017)
About epSOS, available from http://www.epsos.eu/home/about-epsos.html (cited 26.4.2017)
ASTM E2369-12 Continuity of Care Record. American Society for Testing and Materials;
Häyrinenn K, Saranto K, Nykänen P. Definition, structure, content, use and impacts of electronic health records: A review of the research literature. Int J Med Inf. 2008;5
What is openEHR?, available from http://www.openehr.org/what_is_openehr (cited 19.5.2017)
CORDIS: The Good European Health Record, available from http://cordis.europa.eu/project/rcn/17093_en.html (cited 19.5.2017)
Origins of openEHR, available from http://www.openehr.org/about/origins (cited 19.5.2017)
Archetype Technology Overview, available from http://www.openehr.org/releases/AM/latest/docs/Overview/Overview.html (cited 19.5.2017)
ISO EN 13606. International Organization for Standardization / European Committee for Standardization; 2008.
ISO EN 13940. International Organization for Standardization / European Committee for Standardization; 2015.
epSOS: Patient Summary, available from http://www.epsos.eu/epsos-services/patient-summary.html (cited 19.5.2017)
D3.2.2 Final epSOS System Technical Specification, available from http://www.epsos.eu/uploads/tx_epsosfileshare/D3.2.2_Final_Definition_Functional_Service_Req_Patient_Summary.pdf (cited 19.5.2017)
NIX-ZD, available from http://www.nix-zd.cz/ (cited 20.5.2017)
Situace kolem registrů zavedených zákonem o zdravotních službách, available from http://www.sasp.cz/situace-kolem-registru-zavedenych-zakonem-o-zdravotnich-sluzbach (cited 20.5.2017)
Přečková P. Jazyk českých lékařských zpráv a klasifikační systémy v medicíně. Eur J Biomed Inform. 2010;6(1)
Get LOINC, available from https://loinc.org/downloads/ (cited 03.06.2017)
International Classification of Diseases v. 10 (ICD10), available from http://www.cdc.gov/nchs/ (cited 19.5.2017)
International language for drug utilization research, available from https://www.whocc.no/ (cited 3.6.2017)
Converging Patient Summaries: Finding the Common Denominator between the European Patient Summary and the US-Based Continuity of Care Document. Eur J Biomed Inform. 2015;11(2)
Medical Subject Headings, available from https://nlk.cz/pro-knihovny/mesh/ (cited 20.5.2017)
SNOMED CT, available from https://www.nlm.nih.gov/healthit/snomedct/index.html (cited 19.5.2017)
iSpell, available from ftp://ftp.tul.cz/pub/unix/ispell/ispell-czech-20040229.tar.gz (cited 2009)
Zvára K, Kašpar V. Identifikace jednotek a dalších termínů v českých lékařských zprávách. Eur J Biomed Inform. 2010;6(1)
Zvára K, Svátek V. Extrahovatelnost informací z českých lékařských zpráv. Eur J Biomed Inform. 2012;8(5)
Přečková P, Zvárová J. The Role of International Nomenclatures and Standards in Travel Shared Health Care. Travel Health Informatics and Telehealth. 2009;
Heid WD, Chasteen J, Forrey AW. The electronic oral health record. Contemp Dent Pract. 2002;3
Zvárová J, Dostálová T, Hanzlíček P, Teuberová Z, Nagy M, Pieš M. Electronic health record for forensic dentistry. Methods Inf Med. 2008;47
Chleborád K, Dostálová T (školitel). Disertační práce: Stav chrupu u hendikepovaných pacientů. Praha: Univerzita Karlova; 2014.
Chleborád K, Zvára K, Dostálová T, Zvára K, Hippmann R, Ivančáková R et al. Evaluation of voice-based data entry to an electronic health record system for dentistry. Biocybernetics and biomedical engineering. 2013;33
Zvára K, Tomečková M, Peleška J, Svátek V, Zvárová J. Tool-supported Interactive Correction and Semantic Annotation of Narrative Clinical Reports. Methods Inf Med. 2017;56(3)
LOINC, available from https://loinc.org/ (cited 19.5.2017)
Databáze léků, available from http://www.sukl.cz/modules/medication/search.php (cited 20.5.2017)
"Málem jsem zabil bratra!" Nový překladač je lepší, chyby jsou vtipnější., available from http://technet.idnes.cz/google-prekladac-neuronove-site-google-translate-srovnani-test-p80-/sw_internet.aspx?c=A170509_130949_sw_internet_pka (cited 29.5.2017)
Tange HJ, Hasman A, De Vries Robbe PF, Schouten HC. Medical narratives in electronic medical records. Int J Med Inf. 1997;46
Blobel B, Hasman A, Zvárová J. Data and Knowledge or Medical Decision Support. 2013.
Hoerbst A. Exploring Complexity in Health: An Interdiscriplinary Systems Approach. 2016.

Předběžná náplň práce

Analýza literatury
Sběr dat
Vývoj software
Realizace experimentů

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Literature review
Data collection
Software development
Experiments