Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 379)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Regulation of lateral root development
Název práce v češtině:
Název v anglickém jazyce: Regulation of lateral root development
Akademický rok vypsání: 2008/2009
Typ práce: bakalářská práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
Vedoucí / školitel: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 06.11.2008
Datum zadání: 08.09.2009
Datum odevzdání elektronické podoby:08.09.2009
Datum proběhlé obhajoby: 08.09.2009
Oponenti: prof. RNDr. Viktor Žárský, CSc.
 
 
 
Předběžná náplň práce
Vznik bočních orgánů je jedním z významných faktorů určujících budoucí tvar a formu rostlinného těla. Prostorové uspořádání kořenového systému rostlin je jednou z determinant komunikace rostliny s rizosférou a jejího přizpůsobení podmínkám heterogenního prostředí a efektivního využívání jeho zdrojů. Mechanismy regulace iniciace a růstu laterálních kořenů jsou v současné době intenzivně studovány. Vypisovaná bakalářská práce by měla vytvořit přehled současných znalostí o anatomických charakteristikách, endogenním a exogenních faktorech a regulačních mechanismech určujících vznik a vývoj postranních kořenů.
?V navazující diplomové práci se bude student podílet na funkční charakterizaci vybraných gene trap liní. Použítí tzv. enhancer trap a gene trap transgenních linií umožňuje na základě exprese vneseného reportérového genu identifikaci rostlinných genů, jejichž exprese je časově či místně specifická pro určité buňky či pletiva - exprese vloženého reportérového genu je totiž kontrolována regulačními sekvencemi (promotorem, enhancerem) rostlinného genu, do jehož blízkosti se reportérový gen začlenil. Na rozdíl od "klasické" mutace umožňuje tento přístup identifikovat i funkčně se doplňující redundantní geny. Mikroskopickou analýzou rozsáhlé populace cca 2000 enhancer a gene trap linií bylo nalezeno několik linií, u nichž exprese reportérového genu souvisela s vývojem laterálních kořenů (pokud je nám známo tak jde o první takto zaměřený screening). Lokalizace exprese reportérového genu se v jednotlivých liniích lišila - od exprese v pletivech, z nichž jsou laterální kořeny zakládány (xylémová x floémová část pericyklu), po expresi v časných nebo pozdějších vývojových stádiích již vytvořených primordií laterálních kořenů.
Lokalizace reportérového genu v genomu uvedených linií (nutná pro určení rostlinného genu s daným expresním profilem a tedy předpokládanou funkcí ve vývoji laterálních kořenů) bude provedena pomocí TAIL PCR, jejíž protokol byl již školitelem optimalizován pro několik vybraných linií. Další postup, mimo jiné, zahrnuje in silico analýzy sekvencí v místě inzerce reportérového genu, prohledávání databází sekvencí a expresních profilů vytipovaných genů, vyhledání inserčních mutantů v daném genu (či skupině příbuzných genů) v databázi, a konečně charakterizaci funkce příslušného genu.
?Metody: standardní in vitro kultivace; práce s mutanty, standardní metody molekulární biologie (PCR, TAIL-PCR, Southern-blot, GUS detekce, hybridizace), mikroskopie
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK