Náplň práce zahrnuje studium evoluce sarbekovirů s důrazem na potenciální původ pandemie, hodnocení rizik přenosu mezi druhy, analýzu mutací v oblasti vázání receptoru (RBD), provádění in vitro evoluce a zkoumání virových zoonóz. Cílem je identifikace RBD mutací s pandemickým potenciálem, následovaná analýzou jejich kompatibility s různými druhy hostitelů. V rámci práce budou vytvářeny knihovny mutací pomocí yeast display techniky a prováděny selekce na základě fluorescenčně aktivovaného buněčného třídění (FACS). Následně bude provedeno pět kol in vitro evoluce s cílem dosáhnout RBD afinitu podobného SARS-CoV-2 a vyhodnotit možné mutační trajektorie. Výsledky experimentů budou poskytovat nástroje pro monitorování rizika zoonotických mutací v oblasti RBD a přispějí k lepšímu porozumění plastičnosti proteinových interakcí.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
The work involves studying the evolution of Sarbecoviruses, with a focus on the potential origins of a pandemic, assessing cross-species transmission risks, analyzing mutations in the receptor-binding domain (RBD), conducting in vitro evolution, and investigating viral zoonoses. The goal is to identify RBD mutations with pandemic potential, followed by analyzing their compatibility with various host species. The work includes creating mutation libraries using yeast display techniques and performing selections based on fluorescence-activated cell sorting (FACS). Subsequently, five rounds of in vitro evolution will be conducted to achieve RBD affinity similar to SARS-CoV-2 and evaluate possible mutational trajectories. The results of the experiments will provide tools for monitoring the risk of zoonotic mutations in the RBD region and contribute to a better understanding of protein interaction plasticity.
- zadáno a potvrzeno stud. odd.