Funkce imunitního systému je v evoluci modulována recipročním přirozeným výběrem s patogeny. V proteiny kódujících sekvencích imunitních genů to lze sledovat analýzou distribuce synonymních a nesynonymních substitucí v alignmentech DNA. Kromě toho distribuce záměn aminokyselin ve fylogenetickém stromě může ukazovat na konvergentní evoluci působící mezi různými evolučními liniemi. Cílem tohoto projektu je identifikovat místa pod pozitivní selekcí u ptáků Galloanserae a Psittacopasserae, detekovat konvergentní evoluci a, pokud je to možné, sledovat tuto adaptivní evoluci v molekulárních fenotypech predikovaných na základě protein kódujících sekvencí. Tyto výsledky poskytnou vodítko pro odhady funkční genetické variability mezi ptačími druhy, které mohou mít relevantní praktické využití ve veterinárním lékařství.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Immune system function is in evolution modulated by reciprocal natural selection with pathogens. In protein coding sequences of immune genes this can be tracked by analysis on patterns of the distribution of synonymous and non-synonymous substitutions across DNA alignments. Furthermore, the distribution of the amino acid changes in a phylogenetic tree can indicate convergent evolution acting between different evolutionary lineages. The aim of this project is to identify sites under positive selection in the Galloanserae and Psittacopasserae birds, detect convergent evolution and, if possible, track this adaptive evolution in molecular phenotypes predicted based on the protein coding sequences. These results will provide guidance to estimates of functional genetic variation between bird species, which can have relevant practical application in veterinary science.
- zadáno a potvrzeno stud. odd.