Diplomová práce se zaměří na analýzu genové exprese u vybraných mRNA během G1, S, G2 a M fází buněčného cyklu. Kandidátní mRNA jsou vybrány z publikovaných výsledků NGS (Next Generation Sequencing) lidské adherentní buněčné linie RPE-1 (derivované z epitelu rohovky) a též z výsledků našeho vlastního sekvenování lidské suspenzní linie Nc-Nc (prekurzor bílých krvinek). Při vypracování diplomové práce se budete věnovat propagaci tkáňových kultur včetně synchronizace buněčného cyklu, izolaci celkové a polysomální RNA, kvantitativnímu RT-PCR, detekci bílkovin pomocí Western blotu, klonování do reportérových plasmidů, průtokové cytometrii a mikroskopii. Práce bude optimálně zakončena analýzou RNA vazebných proteinů s cílem pochopit mechanismus regulace exprese studovaných mRNA při průchodu buněčným cyklem (není podmínkou).
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
The thesis will focus on gene expression analysis of selected mRNAs during G1, S, G2 and M phases of the cell cycle. The candidate mRNAs are selected from published Next Generation Sequencing (NGS) results of the human adherent cell line RPE-1 (derived from retinal epithelium) and also from our own sequencing results of the human suspension cell line Nc-Nc (white blood cell precursor). For your thesis, you will be involved in tissue culture propagation including cell cycle synchronization, isolation of total and polysomal RNA, quantitative RT-PCR, protein detection by Western blot, cloning into reporter plasmids, flow cytometry and microscopy. The thesis will optimally conclude with the analysis of RNA binding proteins in order to understand the mechanism of regulation of expression of the studied mRNAs as they pass through the cell cycle (not a prerequisite).
