Import proteinů do plastidu Euglena gracilis

• Název práce v češtině: Import proteinů do plastidu Euglena gracilis
• Název v anglickém jazyce: Protein import into the plastid of Euglena gracilis
• Klíčová slova: Euglena gracilis, protein import, chloroplast, CRISPR-Cas9, RNAi
• Klíčová slova anglicky: Euglena gracilis, protein import, chloroplast, CRISPR-Cas9, RNAi
• Akademický rok vypsání: 2022/2023
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra parazitologie (31-161)
• Vedoucí / školitel: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.

Seznam odborné literatury

1: Ebenezer TE, Zoltner M, Burrell A, Nenarokova A, Novák Vanclová AMG, Prasad
B, Soukal P, Santana-Molina C, O'Neill E, Nankissoor NN, Vadakedath N, Daiker V,
Obado S, Silva-Pereira S, Jackson AP, Devos DP, Lukeš J, Lebert M, Vaughan S,
Hampl V, Carrington M, Ginger ML, Dacks JB, Kelly S, Field MC. Transcriptome,
proteome and draft genome of Euglena gracilis. BMC Biol. 2019 Feb 7;17(1):11.
doi: 10.1186/s12915-019-0626-8. PMID: 30732613; PMCID: PMC6366073.
2: Novák Vanclová AMG, Zoltner M, Kelly S, Soukal P, Záhonová K, Füssy Z,
Ebenezer TE, Lacová Dobáková E, Eliáš M, Lukeš J, Field MC, Hampl V. Metabolic
quirks and the colourful history of the Euglena gracilis secondary plastid. New
Phytol. 2020 Feb;225(4):1578-1592. doi: 10.1111/nph.16237. Epub 2019 Nov 4.
PMID: 31580486.

Předběžná náplň práce

Chloroplast euglen pochází ze sekundární endosymbiózy a je obalený třemi membránami. O importu proteinů z cytosolu do této organely se ví velmi málo a ještě méně víme o proteinech s tímto spojených. Díky genomovému projektu E. gracilis a proteomickému projektu na jejích plastidech máme alespoň vytipovány tři proteiny účastnící se transportu před vnitřní (Tic21-1, -2 a -3) and dva proteiny potenciálně se účastnící transportu přes vnější (Der1, -2) membránu. Cílem této diplomové práce bude pro vybraný gen připravit metodou CRISPR-Cas9 in situ značenou verzi, určit jeho lokalizaci v buňce a interakční partnery. Dále downregulovat jeho expresi pomocí RNAi a charakterizovat vzniklý fenotyp.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The chloroplast of Euglena originates from secondary endosymbiosis and is enveloped by three membranes. Very little is known about the import of proteins from the cytosol into this organelle and even less is known about the proteins associated with this. Thanks to the E. gracilis genome project and a proteomics project on its plastids, we have at least identified three proteins involved in transport across the inner (Tic21-1, -2 and -3) and two proteins potentially involved in transport across the outer (Der1, -2) membrane. The aim of this thesis will be to prepare CRISPR-Cas9 in situ labelled versions for the selected gene to determine its cellular localization and interaction partners. Furthermore, to down-regulate its expression by RNAi and characterize the resulting phenotype.