Charakterizace cytosolických hydrogenáz oxymonád a Paratrimastix
| Název práce v češtině: | Charakterizace cytosolických hydrogenáz oxymonád a Paratrimastix |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Characterization of cytosolic hydrogenases of oxymonads and Paratrimastix |
| Klíčová slova: | [FeFe]-hydrogenáza, rekombinantní protein, měření aktivity, biochemie |
| Klíčová slova anglicky: | [FeFe]-hydrogenase, recombinant protein, activity measurement, biochemistry |
| Akademický rok vypsání: | 2022/2023 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra parazitologie (31-161) |
| Vedoucí / školitel: | doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. |
| Řešitel: |
| Seznam odborné literatury |
| 1: Karnkowska A, Vacek V, Zubáčová Z, Treitli SC, Petrželková R, Eme L, Novák L, Žárský V, Barlow LD, Herman EK, Soukal P, Hroudová M, Doležal P, Stairs CW, Roger AJ, Eliáš M, Dacks JB, Vlček Č, Hampl V. A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle. Curr Biol. 2016 May 23;26(10):1274-84. doi: 10.1016/j.cub.2016.03.053. Epub 2016 May 12. PMID: 27185558. 2: Zubáčová Z, Novák L, Bublíková J, Vacek V, Fousek J, Rídl J, Tachezy J, Doležal P, Vlček C, Hampl V. The mitochondrion-like organelle of Trimastix pyriformis contains the complete glycine cleavage system. PLoS One. 2013;8(3):e55417. doi: 10.1371/journal.pone.0055417. Epub 2013 Mar 13. PMID: 23516392; PMCID: PMC3596361. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.04.01.486701v1 |
| Předběžná náplň práce |
| Prvoci bez mitochondrie (oxymonády) a jejich příbuzní (Paratrimastix) obsahují ve svých genomech mnoho různých genů pro [FeFe]-hydrogenázy. Tyto enzymy u anaerobních eukaryot obvykle slouží pro regeneraci redukovaných kofaktorů (feredoxiny, NADH) za současné produkce plynného vodíku. Cytosolické [FeFe]-hydrogenázy mohou vodík také rozkládat a zřejmě tak vyrovnávat redoxní stav mezi kompartmenty. Úloha [FeFe]-hydrogenáz buňkách oxymonád a Paratrimastix je zcela nejasná a nejasná je i jejich biogeneze neboť postrádají kolem sebe částečně nebo zcela sadu maturáz, které pomáhají vytvořit jejich aktivní místo H-klastr. Cílem práce bude vybrané hydrogenázy exprimovat v heterologním systému Trichomonas vaginalis a biochemicky je charakterizovat. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| Mitochondria-free eukaryotes (oxymonads) and their relatives (Paratrimastix) contain many different genes for [FeFe]-hydrogenases in their genomes. These enzymes in anaerobic eukaryotes usually serve to regenerate reduced cofactors (ferredoxins, NADH) while producing hydrogen gas. Cytosolic [FeFe]-hydrogenases can also use molecular hydrogen, apparently balancing the redox state between compartments. The role of [FeFe]-hydrogenases in oxymonad and Paratrimastix cells is quite unclear, as is their biogenesis since they lack partly or completely a set of maturases that help form their active site H-cluster. The aim of this work will be to express the selected hydrogenases in a heterologous Trichomonas vaginalis system and to characterize them biochemically. |