Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod

• Název práce v češtině: Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod
• Název v anglickém jazyce: Population genomic analysis of adaptation in wild Arabidopsis
• Akademický rok vypsání: 2021/2022
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra botaniky (31-120)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Filip Kolář, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Adaptace je jedním ze základních procesů, kterým se organizmy přizpůsobují rychle se měnícímu prostředí. Rychlýpokrok v nových sekvenačních metodáchotevřel zcela nové směry výzkumu genetické podstaty adaptace, který má široké uplatnění v ochraně přírody nebo šlechtění nových plodin. Rostliny jsou obzvláště vhodnými modely, protože výsledky z přírodních populacíje možné dáletestovat pomocí cílených kultivačních exeprimenrtů.
Cílem práce bude odhalit genetickou podstatu adaptace klíčového rostlinného modelu Arabidopsis k výzvám prostředí. Arabidopsis arenosa, běžný obyvatel evropských skal a stepí, je obzvláště vhodný s ohledem na vysokou genetickou, ekologickou i morfologickou diverzitu i blízkost ke geneticky dobře prozkoumanému A. thaliana. Naše výzkumná skupina (https://botany.natur.cuni.cz/ecolgen/) shromáždila bezprecedentní dataset ~1000 sekvencí genomů z přírodních populací Arabidopsis a několik desítek genome assemblies, které mohou být k práci využity. Naší laboratoří je divoká příroda, v rámci práce je možné (ne však nutné) se zapojit i do terénních výzkumů.
Během řešení práce získá uchazeč zkušenosti se state-of-the art analýzou genetické variabilitynapříč celým genomem, novými populačně genomickými a statistickými přístupy a jejich integrací s experimentálními daty. Tyto zkušenosti budou využitelné nejen pro základní výzkum v rámcipřípadnéhoPhD studia, ale např. i v biotechnologických nebo medicínských aplikacích.