Mechanismus přenosu signálu v modelovém zástupci prokaryotních hemových senzorů kyslíku

• Název práce v češtině: Mechanismus přenosu signálu v modelovém zástupci prokaryotních hemových senzorů kyslíku
• Název v anglickém jazyce: Mechanism of signal transduction in a model representative of prokaryotic heme-containing oxygen sensors
• Klíčová slova: dvousložkové signální systémy, histidinkinasa, hemové senzory kyslíku, Phos-tag, AfGcHK
• Klíčová slova anglicky: two component signal systems, histidine kinase, heme-containing oxygen sensors, Phos-tag, AfGcHK
• Akademický rok vypsání: 2021/2022
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Markéta Martínková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 10.11.2021
• Datum zadání: 10.11.2021
• Datum potvrzení stud. oddělením: 10.11.2021
• Datum odevzdání elektronické podoby: 16.08.2023
• Datum proběhlé obhajoby: 12.09.2023
• Oponenti: Mgr. Martin Stráňava, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Doporučené povinně-volitelné předměty
MC250P69N Organická chemie léčiv
MC250P71 Návrh a vývoj léčiv
MC250P11 Hemoproteiny a metaloproteiny
MC250P45 Molekulární techniky

Doporučené volitelné předměty
MC250P21 Moderní metody výzkumu proteinů
MC250P30 Bioinformatika

Seznam odborné literatury

Shimizu T., Huang D., Yan F., Stranava M., Bartosova M., Fojtíková V., Martínková M.: Gaseous O2, NO, and CO in Signal Transduction: Structure and Function Relationships of Heme-Based Gas Sensors and Heme-Redox Sensors, Chem. Rev. 2015, 115, 6491−6533.
Martinkova M., Kitanishi K., and Shimizu T.: Heme-Based Globin-Coupled Oxygen Sensors: Linking Oxygen Binding to Functional Regulation of Diguanylate Cyclase, Histidine Kinase and Methyl-accepting Chemotaxis, J. Biol. Chem, 2013, 288, 27702–27711.

Předběžná náplň práce

Součástí diplomové práce bude vyhledání dosavadních poznatků o hemoproteinech, v nichž hem slouží jako senzorové místo pro detekci kyslíku (hemové senzorové proteiny, které detekují kyslík) v odborné literatuře. Heterologní expresí budou navíc připraveny modelové senzorové proteiny z této skupiny hemoprotienů. Pozornost bude zaměřena hlavně na prokaryontní enzym tzv. histidinkinasa s globinovou strukturou senzorové domény (z angl. globine coupled histidine kinase, AfGcHK). Bude studována mechanismus histidinkinasové reakce s cílem porozumět procesu přenosu signálu v případě tohoto systému.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Part of the diploma thesis will be the search for existing knowledge about hemoproteins, in which heme serves as a sensory site for oxygen detection (heme-containing oxygen sensors) in the literature. In addition, model sensor proteins will be prepared by heterologous expression. Attention will be focused mainly on the prokaryotic enzyme called the globine coupled histidine kinase, AfGcHK). The mechanism of the histidine kinase reaction will be studied in order to understand the signal transduction process in this system.