Detection of structural variants in genomes of two nightingale species

• Název práce v češtině: Detekce strukturálních variant v genomech dvou druhů slavíků
• Název v anglickém jazyce: Detection of structural variants in genomes of two nightingale species
• Klíčová slova: strukturální varianty, speciace, adaptace, variant calling, slavík obecný, slavík tmavý
• Klíčová slova anglicky: structural variants, speciation, adaptation, variant calling, inversions, common nightingale, thrush nightingale
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Radka Reifová, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 15.09.2020
• Datum zadání: 25.09.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 11.08.2021
• Datum proběhlé obhajoby: 13.09.2021
• Oponenti: Ing. Petr Jansa, CSc., Ph.D.

Předběžná náplň práce

Cílem práce je detekovat strukturální varianty, které zahrnují větší chromozomální inzerce, delece, inverze a translokace, v genomech dvou blízce příbuzných druhů slavíků. Student bude analyzovat již dostupná celogenomová 10X linked-read a Oxford Nanopore sekvenční data, a také sestavené genomy obou druhů. Bude aplikovat různé výpočetní metody k detekci strukturálních variant mezi genomy obou druhů, které mohou mít důsledky pro reprodukční izolaci mezi druhy.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The aim of the thesis is to detect structural variants, which include large chromosomal insertions, deletions, inversions and translocations, in the genomes of two closely related nightingale species. The student will analyze already available whole genome 10X linked-read sequencing data, Oxford Nanopore sequencing data as well as assembled genomes of both species. He/she will apply several computational methods to reveals structural variants between the genomes of the two species, which may have consequences for the reproductive isolation of the two species.