Role sestřihových faktorů v regulaci genové exprese – vztah sestřihu a transkripce v Saccharomyces cerevisiae

• Název práce v češtině: Role sestřihových faktorů v regulaci genové exprese – vztah sestřihu a transkripce v Saccharomyces cerevisiae
• Název v anglickém jazyce: Splicing Factors in the Regulation of Gene Expression - the Relationship Between Splicing and Transcription in Saccharomyces cerevisiae
• Klíčová slova: Prp45, PHO, methylace
• Klíčová slova anglicky: Prp45, PHO, methylation
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: rigorózní práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 21.01.2020
• Datum zadání: 21.01.2020
• Datum potvrzení stud. oddělením: 10.02.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 21.01.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 16.03.2020

Předběžná náplň práce

Vztahy mezi iniciací a elongací transkripce, modifikacemi chromatinu a úpravami pre-mRNA (např. sestřihem) jsou dosud nedostatečně poznány. Mezi studované faktory, které spřahují tyto procesy, patří proteiny Prp45/SNW1/SKIP, které fungují jako koregulátory transkripčních faktorů a jako komponenty spliceosomu. Dvě možné regulační úlohy pro Prp45/SNW1/SKIP jsou podporovány recentními nálezy: 1) funguje v rámci komplexu pozitivního elongačního faktoru P-TEFb (nebo s orthologními komplexy u nižších eukaryot) během transkripce RNA polymerázou II a 2) působí ve spojení s jedním ze sestřihových subkomplexů (NTC komplex) ve spliceosomu při sestřihu pre-mRNA.
Cílem projektu je přispět k poznání konkrétních mechanismů spřažení maturace mRNA, regulace transkripce a buněčného cyklu, a to s využitím nových původních výsledků laboratoře popisujících genetické vztahy mezi faktory modifikujícími chromatin a sestřihovými faktory. Pro dosažení našeho cíle využijeme chromatinové imunoprecipitace a technik sledování exprese a sestřihu, včetně celogenomových, a budeme charakterizovat úlohu PRP45 a genů s ním interagujících při vzniku a udržování chromatinových modifikací spjatých s iniciací a elongací transkripce reporterových genů. Budeme analyzovat dopad odstranění intronu na expresi daného genu a její regulaci/regulovatelnost, jakožto i na profily relevantních typů modifikací chromatinu. Budeme rovněž mapovat vliv manipulací s genem PRP45 na funkčnost různých typů heterochromatinu v buňce. V rámci projektu budou využity různé techniky sledování sestřihu in vivo a genetické nástroje dostupné u modelu S. cerevisiae. Využijeme rovněž biochemických technik pro bližší popis funkčně důležitých protein-protein a protein-RNA interakcí.