Počítačové studium skládání proteinů na zjednodušených modelech

• Název práce v češtině: Počítačové studium skládání proteinů na zjednodušených modelech
• Název v anglickém jazyce: Computer study of protein folding using simplified models
• Klíčová slova: skládání proteinů, počítačová simulace, Hamiltonian Monte Carlo, zhrubené modely
• Klíčová slova anglicky: protein folding, computer simulation, Hamiltonian Monte Carlo, coarse-grained models
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. Filip Uhlík, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 04.11.2020
• Datum zadání: 04.11.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 18.06.2021
• Datum proběhlé obhajoby: 14.07.2021
• Oponenti: doc. RNDr. Jan Jirsák, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Počítačová simulace skládání proteinů pomocí molekulové dynamiky s atomistickým modelem je zatím prakticky nedosažitelná. Pro zjednodušené modely (například HP nebo SICHO) a pokročilejší metody statistické termodynamiky (například Hamiltonian Monte Carlo a simulated tempering) dosažitelná může být. Cílem práce je směrem od nejjednodušších modelů a metod to vyzkoušet.