Studying lymphocyte development using mass cytometry

• Název práce v češtině: Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie
• Název v anglickém jazyce: Studying lymphocyte development using mass cytometry
• Klíčová slova: hmotnostní cytometrie, "trajectory inference", perzistentní homologie, thymopoéza
• Klíčová slova anglicky: mass cytometry, trajectory inference, persistent homology, thymopoiesis
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Jan Stuchlý, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 19.11.2019
• Datum zadání: 21.01.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 04.06.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 14.07.2020
• Oponenti: Mgr. Josef Špidlen, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Cílem práce bude studovat vývoj thymocytů pomocí mnohodimenzionálních (desítky měřených markerů) dat z hmotnostní cytometrie. Hlavním úkolem diplomanta bude
implementovat, testovat a vyhodnocovat existující výpočetní metody pro analýzu topologických vztahů buněčných stadií a podílet se na návrhu a implementaci metod nových. Výstupem
práce bude přesnější porozumění vývoji lymfocytů spolu s kolekcí výpočetních nástrojů pro analýzu dat.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The aim is to study development of thymocytes using high-dimensional (tens of measured markers) data acquired via mass cytometry. The principal objective is to implement, test and evaluate existing computational methods for analysis of topological relationshops between cell developmental states and to contribute to the implementation of new tools. The output of this work will be a more accurate understanding of lymphocyte development, together with a collection of computational tools for data analysis.