Role of RAD18 in ubiquitin signaling at DNA double-strand breaks

• Název práce v češtině: Funkce RAD18 v ubikvitinaci na místech dvouřetězcových DNA zlomů
• Název v anglickém jazyce: Role of RAD18 in ubiquitin signaling at DNA double-strand breaks
• Klíčová slova: RAD18, oprava dvouřetězcových zlomů, ubikvitinace, nádorové varianty, resekce konců DNA, homologní rekombinace, 53BP1
• Klíčová slova anglicky: RAD18, DNA double-strand break repair, ubiquitination, cancer variants, DNA end resection, homologous recombination, 53BP1.
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: MUDr. Libor Macůrek, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 14.11.2019
• Datum zadání: 14.11.2019
• Datum odevzdání elektronické podoby: 10.08.2021
• Datum proběhlé obhajoby: 09.09.2021
• Oponenti: Mgr. Lukáš Čermák, Ph.D.
• Ocenění: Práce byla navržena na ocenění

Předběžná náplň práce

Předmětem diplomové práce bude studium významu proteinu RAD18 v opravě DNA prostřednictvím homologní rekombinace. Poškození DNA v lidských buňkách bude vyhodnoceno pomocí reportérové eseje schopné odlišit opravu prostřednictvín NHEJ nebo HR. Nepřímo bude přítomnost DNA poškození vyhodnocena pomocí kvantifikace imunofluorescenčního barvení zavedenými markery. Dále bude testován funkční význam variant genu RAD18 nalezených u nádorových pacientů. Za tímto účelem budou využity buňky v nichž byl RAD18 gen cíleně inaktivován pomocí CRISPR/Cas9 nukleázy. V těchto buňkách budou stabilně exprimovány přirozená a mutovaná forma EGFP-RAD18 a bude testována jejich schopnost opravit poškozenou DNA. Předpokládáme, že tento esej pomůže odlišit funkčně bezvýznamné varianty od těch potencionálně patogenních. Vybrané defektní varianty budou dále testovány pomocí metod molekulární a buněčné biologie.