Komenzální mikroby zasahují do řady fyziologických i patologických procesů, včetně modulace zánětu. Cílem tohoto projektu je komplexně analyzovat protizánětlivý potenciál komenzálních a probiotických bakterií a izolovat jednotlivé aktivní složky střevního mikrobiomu. Interakce mezi mikroby a imunitním systémem hostitele bude studována jednak in vitro, s využitím buněčných linií a somatických buněk izolovaných z experimentálních zvířat a pacientů se zánětlivými chorobami, a jednak v konkrétních aplikacích in vivo, s využitím různých zvířecích modelů zánětlivých onemocnění. Imunitní odpověď bude analyzována základními imunologickými technikami, jako je např. ELISA a mnohobarevná průtoková cytometrie. Mikrobiální kolonizace bude stanovena technikami molekulérní mikrobiologie, jako je například kvantitativní PCR.