Rybí embryogeneze sledovaná na úrovni celoorganismální mikroskopie, cytometrie a jednobuněčné RNAseq

• Název práce v češtině: Rybí embryogeneze sledovaná na úrovni celoorganismální mikroskopie, cytometrie a jednobuněčné RNAseq
• Název v anglickém jazyce: Fish embryogenesis detected by whole organismal microscopy, cytometry and single cell RNAseq
• Akademický rok vypsání: 2017/2018
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Karel Drbal, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Cytometrie
Mikroskopie
Embryologie

Seznam odborné literatury

1.Kimmel, C.B. et al. Dev. Dyn. 203: 253 (1995). 2.Chang, W.-J. et al. Birth Defects Res. C Embryo Today 93: 205 (2011). 3.Satija, R. et al. Nature Biotechnology 33: 495 (2015). 4.Chen, C.-H. et al. Dev. Cell 36: 668 (2016). 5.Eisenhoffer, G.T. et al. J. Cell. Sci. 130: 269 (2017). 6.Shah, G. et al. bioRxiv 173583 (2017).doi:10.1101/173583
Webové zdroje - atlasy vývoje zebřičky:
Zebrafish Atlas (zfatlas.psu.edu)
3D Atlas of Zebrafish Vasculature Anatomy (http://uvo.nichd.nih.gov/atlas.html)
the Zebrafish Brain Atlas (http://www.ucl.ac.uk/zebrafish-group/zebrafishbrain/index.php)
the Atlas of Zebrafish Anatomy (http://www.zebrafish.uni-freiburg.de/anatomy.html)
the Atlas of Zebrafish Development (http://bio-imaging.liacs.nl/liacsatlas.html)
the Zebrafish Anatomy Portal (http://www.zfap.org)
the FishNet 3D developmental atlas (http://www.fishnet.org.au/index.shtml)

Předběžná náplň práce

Vývoj jednotlivých buněčných linií během časné embryogeneze je dnes dobře popsaný u buněk hematopoietického systému ale nikoli u ostatních orgánových soustav. Otázka jakým způsobem dochází ke specifikaci jednotlivých linií a určení jejich osudu zůstává otevřená.
V rybím modelu dania, kde máme k dispozici velké množství transgenních reporterových kmenů, ale i v jiných rybích modelech, bylo publikováno více článků směrem k mikroskopické analýze, a to včetně adoptivních transferů a utlumení klíčových genů pro vývoj konkrétní buněčné linie. Jednobuněčná analýza je nicméně mnohem vzácnější - existují paralelní cytometrické studie, které by s větší statistickou přesností, ale bez poziční informace ve 3D objektu, popisovaly embyogenezi. Dále jsou nově publikované scRNA-seq data zpracovaná klastrovacími výpočetními metodami.
Tato bakalářské práce se bude věnovat specificky vývoji endodermu, konkrétně epiteliální linii a její transkripční plasticitě směrem k mezodermu. V modelu dania dochází k tranzientnímu a masivnímu formování mezendodermu a právě procesy, které souvisí s EMT/MET tranzicí budou cílem výběru publikací pro tuto práci.