Development and testing of computer models of phospholipid membranes

• Název práce v češtině: Vývoj a testování počítačových modelů fosfolipidových membrán
• Název v anglickém jazyce: Development and testing of computer models of phospholipid membranes
• Klíčová slova: fosfatidylcholin, vapenaté ionty, sodné ionty, model elektronového kontinua, koncept elektrometru
• Klíčová slova anglicky: phosphatydylcholine, calcium ions, sodium ions, electronic continuum correction, electrometer concept
• Akademický rok vypsání: 2017/2018
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
• Vedoucí / školitel: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 01.03.2018
• Datum zadání: 14.06.2018
• Datum odevzdání elektronické podoby: 06.05.2019
• Datum proběhlé obhajoby: 22.05.2019
• Oponenti: doc. RNDr. Milan Předota, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Cílem práce je vývoj a testovaní nových silových polí pro interakce lipidových membrán s biologicky relevantními ionty ve vodném prostředí. Pomocí metody škálování nábojů tak simulace molekulové dynamiky implictně zahrnou elektronické polarizační efekty, což přispěje k zpřenění počítačového modelování těchto experimentálně a biologicky relevantních systémů.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The goal is to develop and test new force fields for interactions of lipid membranes and biologically relevant ions in aqueous environments. Using charge scaling simulations thus implicitly include electronic polarization effects, which helps to make modeling of these experimentally and biologically relevant systems more accurate.