Imunoskóre ve 3D tkáních

• Název práce v češtině: Imunoskóre ve 3D tkáních
• Název v anglickém jazyce: Immunoscore in 3D tissue
• Klíčová slova: imunoskóre, imunitní infiltrát, projasnění tkáně, "lightsheet" mikroskopie, SPIM, nádorové mikroprostředí, karcinom, pevný nádor
• Klíčová slova anglicky: immunoscore, immune infiltrate, tissue clearing, lightsheet microscopy, SPIM, tumor microenvironment, carcinoma, solid tumor
• Akademický rok vypsání: 2017/2018
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Karel Drbal, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 11.11.2017
• Datum zadání: 11.11.2017
• Datum odevzdání elektronické podoby: 10.08.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 17.09.2020
• Oponenti: Mgr. Jan Procházka, Ph.D.
• Konzultanti: doc. Mgr. Pavel Němec, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Cílem práce je kritické zhodnocení deset let staré metodiky stanovení takzvaného imunoskóre u pevných nádorů na základě imunohistochemického značení náhodných řezů nádorovou tkání třemi znaky - CD3, CD8 a CD45RO a zároveň stanovení lokalizace imunitních buněk v centru nádoru respektive invazivním okraji. Budeme zde využívat kombinaci dvou nových technologií: projasnění tkáně (z anglického "clearing") a získání optického řezání tkáně mikroskopickou technikou "lightsheet" (SPIM) bez nutnosti mechanického řezání. Obě tyto nové technologie umožní získání 3D informace v nádorové tkáni co nejpřesnějším a nejjednodušším způsobem s minimální manipulací se vzorkem pro následnou rekonstrukci dat a stanovení ne/výhodnosti 3D versus 2D postupu.
Doplněním panelu měření znaků cílí práce především inhibiční "checkpoint" receptory imunitních buněk a znaky imunosuprese - a to jak lymfoidního, tak i myeloidního původu. U několika vybraných vzorků provedeme paralelní srovnání s klasickou metodou barvení hematoxilin/eosin a výše zmíněným provedení klasického imunoskóre. Při vývoji metodiky budeme používat mozky a další orgány modelových organismů, především zebřičky (Danio rerio) a v omezeném počtu i myši.
Analýza 3D obrazových dat bude založená na srovnání dostupných komerčních řešení (arivis Vision4D) a otevřeného softwaru (Fiji). Z výše uvedeného vyplývá, že cílem není zpracování velkého počtu vzorků, ale právě komparativní přístup ve stylu studie proveditelnosti.